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[AMBER] 用GPU做Heating报错 amber14

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发表于 2014-11-18 14:44:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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当输入pmemd.cuda -O -i 02_Heat.in -o 02_Heat.out -p prmtop -c 01_Min.rst -inf 02_Heat.mdinfo命令按回车后,10秒后弹出error:unspecified lauch failure launching kernel kClearForces
                                  cudaFree GpuBuffer:eallocate failed unspecified launch failure
我蛋白原子个数大概有1734个; solvation 10 angstrom; 加了两个负电荷neutralization;
01_Min.in参数设置为
Minimize
&cntrl
  imin=1, ntx=1, irest=0, maxcyc=10000,ncyc=5000, ntpr=100, ntwx=0, cut=8.0
还请大侠赐教
发表于 2014-11-24 13:25:25 | 显示全部楼层
求amber4服务器安装出现bug,求指点
发表于 2014-11-25 14:31:42 | 显示全部楼层
加热以及加热之前的步骤,最好用CPU进行。
发表于 2014-11-25 14:35:39 | 显示全部楼层
一醉解清风 发表于 2014-11-24 13:25
求amber4服务器安装出现bug,求指点

一步步安装,从serial,到parallel,再到GPU,paralle GPU,应该不会有多大问题。安装完后,做些模拟试试,不影响你使用的bug可以忽略。
发表于 2014-12-16 21:28:59 | 显示全部楼层
蛋白结构在计算前要优化,比如用sybyl优化后在用来amber处理并MD,这样的话就不会有这个错误了。
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