Modeller 学习记录（五）

qianlang

还有，对automodel的参数试了下不同的设置，有些疑问

1. max_molpdf 默认为 1e7 ， 改成 1e6 之后跑出来的模型 molpdf 和 DOPE 没变。

2. md_level 默认的为 None , 改成如下设置得到：
molpdf              DOPE                    参数
15488.47461    -45013.812500    very_fast*
15414.66406    -44222.699219    fast*
15156.90527    -45317.316406    slow*
15076.82812    -45527.835938    very_slow*
21364.72266    -39891.527344    slow_large*
看起来效果最好的是 very_slow , 但理论上不应该是 slow_large 最好吗

lrf1980

qianlang 发表于 2015-5-29 16:14
请问：
你们每次一般生成多少个模型？一般是从生成的模型中选能量最低的来做吗 ...

我最多的那个尝试生成了1000个模版。呵呵， 生成的模版里面是能量及其它打分相结合吧。很多的时候能量最低不是唯一的指标。你可以把模型提交到SAVES里面去看看，或者YASARA里面做一下check。

lrf1980

qianlang 发表于 2015-5-29 16:44
还有，对automodel的参数试了下不同的设置，有些疑问

1. max_molpdf 默认为 1e7 ， 改成 1e6 之后跑出来的 ...

好问题，我没有深入研究过这个，还不是特别清楚原因，不妨试试发个email给软件的作者问问看？

风在吹

实用，先收藏着

风在吹

先收藏，谢谢了