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楼主: lrf1980

Modeller 学习记录(五)

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发表于 2015-5-29 16:44:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 qianlang 于 2015-6-2 16:29 编辑

还有,对automodel的参数试了下不同的设置,有些疑问

1. max_molpdf 默认为 1e7 , 改成 1e6 之后跑出来的模型 molpdf 和 DOPE 没变。

2. md_level 默认的为 None , 改成如下设置得到:
molpdf              DOPE                    参数
15488.47461    -45013.812500    very_fast*
15414.66406    -44222.699219    fast*
15156.90527    -45317.316406    slow*
15076.82812    -45527.835938    very_slow*
21364.72266    -39891.527344    slow_large*
看起来效果最好的是 very_slow , 但理论上不应该是 slow_large 最好吗
 楼主| 发表于 2015-7-14 00:10:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 lrf1980 于 2015-7-14 00:11 编辑
qianlang 发表于 2015-5-29 16:14
请问:
你们每次一般生成多少个模型?一般是从生成的模型中选能量最低的来做吗 ...

我最多的那个尝试生成了1000个模版。呵呵, 生成的模版里面是能量及其它打分相结合吧。很多的时候能量最低不是唯一的指标。你可以把模型提交到SAVES里面去看看,或者YASARA里面做一下check。
 楼主| 发表于 2015-7-14 00:12:56 | 显示全部楼层
qianlang 发表于 2015-5-29 16:44
还有,对automodel的参数试了下不同的设置,有些疑问

1. max_molpdf 默认为 1e7 , 改成 1e6 之后跑出来的 ...

好问题,我没有深入研究过这个,还不是特别清楚原因,不妨试试发个email给软件的作者问问看?
发表于 2015-9-30 11:36:04 | 显示全部楼层
实用,先收藏着
发表于 2015-9-30 11:36:23 | 显示全部楼层
先收藏,谢谢了
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