Modeller 学习记录（五）

qianlang · 发表于 2015-5-29 16:14:50

请问：
你们每次一般生成多少个模型？一般是从生成的模型中选能量最低的来做吗

qianlang · 发表于 2015-5-29 16:44:56

本帖最后由 qianlang 于 2015-6-2 16:29 编辑

还有，对automodel的参数试了下不同的设置，有些疑问

1. max_molpdf 默认为 1e7 ，改成 1e6 之后跑出来的模型 molpdf 和 DOPE 没变。

2. md_level 默认的为 None , 改成如下设置得到：
molpdf DOPE 参数
15488.47461 -45013.812500 very_fast*
15414.66406 -44222.699219 fast*
15156.90527 -45317.316406 slow*
15076.82812 -45527.835938 very_slow*
21364.72266 -39891.527344 slow_large*
看起来效果最好的是 very_slow , 但理论上不应该是 slow_large 最好吗

lrf1980 · 发表于 2015-7-14 00:10:04

本帖最后由 lrf1980 于 2015-7-14 00:11 编辑

qianlang 发表于 2015-5-29 16:14
请问：
你们每次一般生成多少个模型？一般是从生成的模型中选能量最低的来做吗 ...

我最多的那个尝试生成了1000个模版。呵呵，生成的模版里面是能量及其它打分相结合吧。很多的时候能量最低不是唯一的指标。你可以把模型提交到SAVES里面去看看，或者YASARA里面做一下check。

lrf1980 · 发表于 2015-7-14 00:12:56

qianlang 发表于 2015-5-29 16:44
还有，对automodel的参数试了下不同的设置，有些疑问

1. max_molpdf 默认为 1e7 ，改成 1e6 之后跑出来的 ...

好问题，我没有深入研究过这个，还不是特别清楚原因，不妨试试发个email给软件的作者问问看？

风在吹 · 发表于 2015-9-30 11:36:04

实用，先收藏着

风在吹 · 发表于 2015-9-30 11:36:23

先收藏，谢谢了

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