Modeller 学习记录（五）

lrf1980

文件你没有下载全，确实是1.6g左右大小，我的就是那么大的。再下载一次吧

zhuimeng0812

我用 多模板 模建。根据 你这个 方法，在其中 一个模板后加.. 再把相应的氨基酸个数 加2，其他几个模板只在*号前加-- 氨基酸 个数，不做修改，目标序列，*前加..   但是，老报错。错误是：_modeller.ModellerError: read_te_290E> Number of residues in the alignment and  pdb files are different:      243      239 For alignment entry:        1  1zoyB  。我认为 不是 我残基 个数 修改有问题，因为 我只用1zoy这一个模板，同源模建 是成功的，加了另外 几个模板 就出现这个错误，请问原因是什么？

lrf1980

zhuimeng0812 发表于 2015-5-19 22:36
我用 多模板 模建。根据 你这个 方法，在其中 一个模板后加.. 再把相应的氨基酸个数 加2，其他几个模板只在 ...

应该就是实际的氨基酸数目不对，你把alignment的文件内容贴出来看看吧，我有的时候也遇到这个问题，没有找到合适的办法。

zhuimeng0812

lrf1980 发表于 2015-5-20 16:26
应该就是实际的氨基酸数目不对，你把alignment的文件内容贴出来看看吧，我有的时候也遇到这个问题，没有 ...

>P1;1zoyB
structureX:1zoy_fit.pdb:9    :B:+243 :B:::-1.00:-1.00
-------------------------------------------PRIKKFAIYRWDPDKTGDKPHMQTYEIDLNNC
GPMVLDALIKIKNEIDSTLTFRRSCREGICGSCAMNINGGNTLACTRRIDTNLDKVSKIYPLPHMYVIKDLVPDL
SNFYAQYKSIEPYLKKKDESQEGKQQYLQSIEEREKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNGDKYLGPAVLMQAYRW
MIDSRDDFTEERLAKLQDPFSLYRCHTIMNCTGTCPKGLNPGKAIAEIKKMMATYKE----------....*
>P1;2h88B
structureX:2h88_fit.pdb:8    :B:+239 :B:MOL_ID
------------------------------------------TSRIKKFSIYRWDPDKPGDKPRMQTYEVDLNKC
GPMVLDALIKIKNELDSTLTFRRSCREGICGSCAMNIAGGNTLACTKKIDPDLSKTTKIYPLPHMYVVKDLVPDL
SNFYAQYKSIEPYLKKKDESKQGKEQYLQSIEDRQKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNGDKYLGPAVLMQAYRW
MIDSRDDYTEERLAQLQDPFSLYRCHTIMNCTRTCPKGLNPGKAIAEIKKMMATYK---------------*

>P1;3vr8B
structureX:3vr8_fit.pdb:33   :B:+249 :B:MOL_ID
-------------------------------------------KRIKTFEIYRFNPEEPGAKPKLQKFDVDLDKC
GTMVLDALIKIKNEVDPTLTFRRSCREGICGSCAMNIAGENTLACICNIDQNTSKTTKIYPLPHMFVIKDLVPDM
NLFYAQYASIQPWLQKKTKINLGEKQQYQSIKEQEKLDGLYECILCACCSASCPSYWWNADKYLGPAVLMQAYRW
IIDSRDDSAAERLARMQDGFSAFKCHTIMNCTKTCPKHLNPARAIGEIKMLLTKMKTKPAPLPTPAN----*

>P1;B
sequence:B:     : :     : ::: 0.00: 0.00
MSLARQIASSSRSFGARRAFASSAIRSQAVPTQEHGQIPTGKKPLNKVFKIYRWNPDEPATKPKLQSYTVDLNSC
GPMILDALIKIKNEMDPTLTFRRSCREGICGSCAMNIDGINTLACLCRISRAESQDAKIYPLPHMYVVKDLVPDL
TQFYKQYKSIEPYLKNDNPPEKG--EFLQSPEDRRKLDGMYECILCACCSTSCPSYWWNQDEYLGPATLMQAYRW
IADSRDSYGAERRERLQNSLSVYRCHTIFNCTRTCPKGLNPAQAIAKIKQELAAE------------....*

zhuimeng0812

zhuimeng0812 发表于 2015-5-20 19:26
>P1;1zoyB
structureX:1zoy_fit.pdb:9    :B:+243 :B:::-1.00:-1.00
---------------------------------- ...

因为，我已经 只用1zoy这个模板做过了，coppy了配体，是没有问题的。我用 多模板 却出现 这个问题，我觉得应该 不是个数不对应的问题。而是其他的问题！

zhuimeng0812

我准备用1zoy这一个模板把整个蛋白 构建下来，构建的蛋白有4条链，也就是4个亚基。
我先尝试了同时 构建2条链，这是 我准备同时建2条链的序列比对结果：
>P1;1zoyC
structureX:1zoy.pdb:   6 :C:+240 :C:::-1.00:-1.00
TTAKEEMERFWNKNLGS------------N-----RPLSPHITIYRWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLP--G---NFESHLELVKSLCLGPTLIYTAKFGIVFPLMYHTWNGIRHLIW
DLGKGLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAAM/
SSKAASLHWTGERVVSVLLLGLLPAAYLN-P--CSAMDYSLAAALTLHGHWGIGQVVTDYV--R-GDALQKAAKAGLLALSAFTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL*

>P1;C
sequence:C:     : :     : ::: 0.00: 0.00
QSRATPLARQFVRSIQTESLPPSAATEILNAQRVKRPSSPHFTIYQPQITWIGSIANRITGGVLSGGLYLFALAYLAGPVVGIPVDTAHVVDLVAS--LPDWFKYAVKGALGMSFSFHSWNGIRHLLW
DAGRLMTNTAVMRSGYAVIGLSVATTIGLLTW/
SSKAGSHHWAFERLLSVALVPATVSAFVVSPTAYPVLDGILAVSLVVHSHIGFDSMVVDYLHPRKWPIFGPIIKWTLRLLTTGTLIGVYQFNTEDVGLSELVRRVWNA*


我用的*py脚本。网址：http://www.salilab.org/modeller/manual/node21.html
但是依然报错：报的错误是：modeller.ModellerError: define__595E> Number of selected atoms in sets 2 & 3 is not the same:      158      108

lrf1980

zhuimeng0812 发表于 2015-5-20 19:26
>P1;1zoyB
structureX:1zoy_fit.pdb:9    :B:+243 :B:::-1.00:-1.00
---------------------------------- ...

要包含配体的话，好像不能用*.fit.pdb做模版，你看看＊_fit.pdb，这里面是没有配体信息的，你还需要改成＊.pdb。如果我没有记错的话。

zhuimeng0812

lrf1980 发表于 2015-5-20 21:30
要包含配体的话，好像不能用*.fit.pdb做模版，你看看＊_fit.pdb，这里面是没有配体信息的，你还需要改成 ...

你的意思是 只保留一个蛋白中有配体信息，其他的模板 把配体去掉！
我再向你请教一个问题，modeller 同源模建的时候，提供的模板是不是必须要有链的信息。比如：A、B、C......链等，而把这些表示链的信息A、B、C...... 去掉，modeller 就不识别了？对吗？ 如下面的B 去掉：

ATOM   4731  N   PRO B   9     111.971  33.330  97.856  1.00 92.26           N
ATOM   4732  CA  PRO B   9     112.160  34.798  97.760  1.00 92.31           C
ATOM   4733  C   PRO B   9     111.127  35.407  96.816  1.00 93.29           C
ATOM   4734  O   PRO B   9     110.966  34.956  95.677  1.00 92.89           O
ATOM   4735  CB  PRO B   9     113.573  35.036  97.237  1.00 91.79           C
ATOM   4736  CG  PRO B   9     114.270  33.722  97.624  1.00 93.83           C
ATOM   4737  CD  PRO B   9     113.196  32.635  97.440  1.00 91.53           C


报的错误是：
modeller.ModellerError: rdpdb___303E> No atoms were read from the specified input PDB file, since the starting residue number and/or chain id in MODEL_SEGMENT (or the alignment file header) was not found; requested starting position: residue number " 6", chain " C"; atom file name:  1zoy.pdb


让我奇怪的是：swiss-model 却是可以构建的，swiss-model 也是用的modeller 的模块，只是更便于操作而已，为什么 swiss-model可以，而modeller却不识别呢？

请你指导一下！谢谢！

lrf1980

zhuimeng0812 发表于 2015-5-21 17:03
你的意思是 只保留一个蛋白中有配体信息，其他的模板 把配体去掉！
我再向你请教一个问题，modeller 同源 ...

抱歉，我没有说清楚，我的意思是，对于单模版建模的时候，我们给了模版的pdb code，align后在align 的ali文件中，structureX file 的名字应该就是pdb code.pdb，如果你的模版是1zoy,那么名字就是1zoy.pdb。 但是在多模版建模的时候，程序会处理成pdb code－fit.pdb格式，像你的就是1zoy-fit.pdb，而且这个fit后的pdb里面是没有配体的，所以，如果你想用这个蛋白的配体，你需要在ali文件里把1zoy-fit.pdb改成1zoy.pdb。  

qianlang

请问：
你们每次一般生成多少个模型？一般是从生成的模型中选能量最低的来做吗