关于用AUTODOCK做两个小分子间的对接

tjpugu

刚刚接触Autodock，想用它来做小分子间的对接，但是完全不懂配体、受体文件如何准备，只有自己做的PDB格式文件，但ligand是不是要求PDBQT格式，不知道这两者的区别也不会转化，求能人指点。

tjpugu

Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.

    ****************************************************************
    Personal firewall software may warn about the connection IDLE
    makes to its subprocess using this computer's internal loopback
    interface.  This connection is not visible on any external
    interface and no data is sent to or received from the Internet.
    ****************************************************************
   
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 964, in doit
    ps = subprocess.Popen(args)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\subprocess.py", line 594, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\subprocess.py", line 816, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 2]

tjpugu

viger87 发表于 2014-11-11 10:25
建议你先参考autocock教程，用一天的时间熟悉软件（教程下载;http://www.moldesigner.com/?p=1154）.
理论 ...

谢谢，我已经看过教程了，但自己操作时总会在各种地方卡住，现在我在ligand - input - open这一步中总也打不开PDB格式的文件，PDBQT倒是可以，不知道为什么

tjpugu

而且，Autodock是任意分子间对接都可以吗，我看的资料基本上是关于蛋白质对接配体的，小分子间的非常少，不知我这样做有没有合理性

tjpugu

还有关于操作系统，autodock在windows运行应该没有大问题吧，求解答

浪模拟

任何分子，只要autodock认识这些分子的原子都能做，关键是你干嘛做小分子间的对接

tjpugu

浪模拟 发表于 2014-11-10 10:16
任何分子，只要autodock认识这些分子的原子都能做，关键是你干嘛做小分子间的对接 ...

我是做拆分的，用的是分子间特殊的结合作用，看过用环糊精与小分子对接的文献，想着自己也可以试试，应该能得到自由结合能之类的数据吧

tjpugu

请问两个小分子对接，配体和受体是不是都可以自己用chemoffice画，画好都要做MM优化吗

tjpugu

刚刚在做Autogrid一步时 Log filedname 为空也不知是为什么，恳求指点

lrf1980

tjpugu 发表于 2014-12-1 19:37
刚刚在做Autogrid一步时 Log filedname 为空也不知是为什么，恳求指点

你添加一下grid文件后，会自动将log文件名称生成好，至少在linux下是这样的。

tjpugu

lrf1980 发表于 2014-12-1 19:47
你添加一下grid文件后，会自动将log文件名称生成好，至少在linux下是这样的。 ...

我照着教程做的，这一步Grid →Grid Box…后确实生成了一个GPF 文件，但RUN Autogrid后log filename那一栏是空的, 我用的是windows，不同系统差别大吗？