Gromacs模拟膜蛋白问题二

zhangmao511 · 发表于 2014-11-6 23:50:22

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

小弟在用Gromacs模拟膜蛋白遇到一些问题，请教一下大家，谢谢！！

1. 我从网上DOWNLOAD到一个DPPC的膜，包含128个DPPC和3665个SPC水分子。我是直接拿过来上模拟呢，还是需要做先做一些处理呢（比如NPT，MD一下）？

2. 就是，我从网上DOWNLOAD到的DPPC的膜只有128个DPPC分子，我觉得里面的DPPC分子少了，我想把膜的面积再铺大一些，具体的实施方法如何操作呢？？

zhangmao511 · 发表于 2014-11-9 23:51:32

等待解答！！！！谢谢！！！

Katherine · 发表于 2015-5-1 11:52:40

你好，我最近也在做这个。我想请问下，你是在Gromacs官网上下载的吗？我们下载的不一样呢，你这个是下载的哪一种，方便告知下吗？

Katherine · 发表于 2015-5-1 11:55:35

zhangmao511 发表于 2014-11-9 23:51
等待解答！！！！谢谢！！！

我下载的是Gro96-53. 据说这些都是平衡好了的吧，不需要再进行处理了吧。

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[Gromacs] Gromacs模拟膜蛋白问题二