Gromacs模拟膜蛋白问题一

zhangmao511 · 发表于 2014-11-6 23:41:46

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本帖最后由 zhangmao511 于 2014-11-6 23:55 编辑

想请教一个Gromacs里模拟膜蛋白的问题。

我已经把蛋白嵌入到膜内，接下来，需要将我的膜蛋白系统溶于水中。也就是添加水分子。那是直接用genebox命令添加水分子（如图1，膜2侧被加上了水）；还是先editconf设定好一个水盒子形状，再用genebox命令添加水分子呢（如图2，整个膜蛋白体系被水分子包裹住了）？？

川大-灰太狼 · 发表于 2014-11-7 23:03:26

你的膜蛋白，视乎没有调整好，没有跨膜哦。

zhangmao511 · 发表于 2014-11-9 23:49:56

膜蛋白有几种类型吧，或吸附在膜表面, 或嵌入膜中, 或贯穿膜的两侧。我的这个膜蛋白应该属于吸附在膜表面的。所以，我在将蛋白嵌进膜的时候，特意移动的蛋白的位置，将蛋白往下移了。所以才没有你说的跨膜吧，我想的话。。。
等待解答！！！！！！

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