g_mmpbsa算得的energy_MM项很小

ydianlove · 发表于 2014-10-22 23:18:54

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先用gromacs跑了蛋白和小分子的轨迹，然后在g_mmpbsa中计算结合自由能。算的energy_MM项能量特别小，几乎全在0左右。有木有遇到过这样问题的呢
可能是什么问题呀？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-10-23 15:09:47

难道是你的体系蛋白都没有电荷造成的？一般不会有这种情况。你例子做了吗

ydianlove · 发表于 2014-10-24 16:03:17

不经意间的呐喊发表于 2014-10-23 15:09
难道是你的体系蛋白都没有电荷造成的？一般不会有这种情况。你例子做了吗 ...

我是按照Trypsin-Benzamidine的tutorial做的，mdp文件是在这个d基础上修改l一些。
现在换用别的蛋白-小分子体系重新又算了一次，发现energy_MM中静电相互作用有点大、并且是正的！
是不是mdp中关于静电相互作用的部分有问题？
请赐教！

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[Gromacs] g_mmpbsa算得的energy_MM项很小