分子动力学可以帮我们达到什么目的？对实验有什么帮助

hongyibaixue · 发表于 2014-10-15 18:01:34

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首先，我想说自己是个新手，所以这是个提问贴。对于新手来说，分子动力学可以用来干什么？它可以帮助我们达到哪些常见的目的？虽然我现在会用MD的软件了，也做过实际模拟，但我还是一直被困扰着。所以想收集更多的“你为了什么目的，所以才选择去做分子动力学模拟的？”，说的简单一点也行。以便于帮助更多的新手，免得走弯路（毕竟又要装linux系统、又要装gmx、还要MD、还得分析什么的，很费时间和精力）。新手得知了“要用分子动力学可以解决什么问题”，才会事半功倍

hongyibaixue · 发表于 2014-10-15 18:03:35

分子动力学可以用来观察蛋白在水溶液中的动态过程，验证对接在活性位点是否稳定（来自狼哥指点）

hongyibaixue · 发表于 2014-10-15 18:04:44

分子动力学可以用来验证同源建模的模型是否合理，如果模建结果已经很好，完全没有必要的MD

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-10-15 19:52:57

这个问题问的很好。但是我给不了很好的回答。这方面应该需要对动力学模拟有深刻理解的人才能告诉你把

jianchen7882 · 发表于 2014-10-16 17:53:11

我也困惑了很久，目前能知道的意义除了上面的说的一些之外，也可以进行少量化合物的筛选，通过一定时间的模拟决定，除此之外，国人有通过拉伸时的拉力变化，确定化合物的活性非活性构象的。对于单纯的大体系的分子动力学模拟，不只包括生物体系的模拟，可以研究反应历程，结合模式之类的。（俺只是药物设计的小硕，关注的内容面很窄，余下诸如材料，军工等等也有一些应用，但是具体不了解，见笑了

）

墨竹晓风 · 发表于 2014-10-19 09:38:10

观察模拟体系在整个时间段的变化，以得到更加可信的模拟数据。
那得到这个数据可以用来做什么，这得看你的模拟目的是什么了。

hongyibaixue · 发表于 2014-10-19 16:07:54

jianchen7882 发表于 2014-10-16 17:53
我也困惑了很久，目前能知道的意义除了上面的说的一些之外，也可以进行少量化合物的筛选，通过一定时间的模 ...

回答的挺好的，又多了一些可以帮助新人的东西了，赞~

hongyibaixue · 发表于 2014-10-19 16:11:58

墨竹晓风发表于 2014-10-19 09:38
观察模拟体系在整个时间段的变化，以得到更加可信的模拟数据。
那得到这个数据可以用来做什么，这得看你的 ...

嘿嘿，我就是想统计大家的普遍目的都是什么，或者说，尽可能的收集大家MD的“常规目的”，让新手能看到这些。他们看到了MD能达到哪些目的之后，如果自己的实验可以用的到，那就会去努力学习；如果感觉到自己的实验完全不需要达到这些目的，那就不用浪费青春去学了

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