受体、配体文件格式如何标准化。

浙医-中药筛选

先将本人的困扰提出：用PyRx 0.8中autodock vina做虚拟筛选和对接后，在记事本中将配体文件拷贝到受体文件的最后面。配体-受体对接图用Discovery studio visualizer 3.5看的，并且用DSV3.5做配体受体相互作用的2D图。在论坛中看到墨竹晓风的有关ligplus的帖子后，也想用它来做一做。问题出来了，配体受体对接对接文件在ligplus打开后，显示无配体。而在DSV3.5中是可以看到配体并做对配体进行操作的。就这问题，分别向墨竹晓风和阿里巴巴请教过，反馈意见是DSV出来的对接文件格式比较宽松，不是很标准，有的软件就不认识。并建议将配体文件中非HETATM开头的行删掉。我试着操作了，还是没得到结果，可能还是某个地方做的不对。上午找了蛋白质数据库格式说明书查看，洋洋洒洒60多页，抓不住要点。也将PDB受体文件单独找出来，进行比对，也查不出差异。那么问题就如题，不同软件出来的受体、配体文件如何看它们的区别啊？如何将它们格式标准化。重点在哪里？细节在哪里？请各位知无不言。如有可能，请拿附件中的例子做讲解。附件中是蛋白质数据库标准格式说明书。还有一份对接文件（因论坛不支持txt格式，所以拷贝到word）

administrator

根据你保存的分子pdb文件，经过一些步骤做出了下图。

为什么会出问题？
其实你保存的PDB文件其实是两个pdb文件，而非一个，这样的文件在DS，pymol中都可以打开，你会看到软件中显示的会有两个分子！
粘贴出来的文件并没有实现pdb复合物的形式！

建议解决方法：在sybyl或者其他软件中 把蛋白和小分子合并到一个文件！sybyl中是merge。然后保存为pdb文件。

附件中有做好的pdb文件，你比较后会发现：小分子部分和你直接粘贴的是不一样的。
PDB复合物的小分子都用：

1. HETATM 6340 O UNK N 1 -21.749 -14.404 -22.302 1.00 0.00 O

复制代码

然后最后都有连接原子：

1. CONECT 6335 6330 6334
   
2. CONECT 6336 6334
   
3. CONECT 6337 6333
   
4. CONECT 6338 6328 6339 6340
   
5. CONECT 6339 6338
   
6. CONECT 6340 6338
   
7. MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 6333 7 52 66
   
8. END

复制代码

以这样的结尾！