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[提问] 如何确定charmm力场参数

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发表于 2014-9-26 10:56:36 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在namd计算过程用到了charmm的parameter文件
但是有几个二面角没有
只能添加
可看到氨基酸类的注释里面关于DIHEDRALS是这样的
-------
DIHEDRALS
!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
!Kchi: kcal/mole
!n: multiplicity
!delta: degrees
!atom types             Kchi    n   delta
------------
实际结构的二面角在文献中已经给出
可是这里的Kchi、n、delta怎么确定呢?
还有角度里面是这样的注释
---------------
ANGLES
!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2
!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2
!Ktheta: kcal/mole/rad**2
!Theta0: degrees
!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)
!S0: A
!atom types     Ktheta    Theta0   Kub     S0
这里的Ktheta Theta0 Kub S0又是怎么设置的呢
发表于 2014-9-26 17:15:31 | 显示全部楼层
小分子力场参数建议用PARAChem,CHARMM正宗嫡系开发的力场参数,与CHARMM蛋白力场参数兼容。力场参数不要混用。

当然了,PARAChem参数也有不合理的时候,如果对自己的参数有信心,按照CHARMM的二面角公式及CHARMM参数文件的格式把参数加进去即可。
发表于 2014-9-26 17:55:41 | 显示全部楼层
支持楼上说法!
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