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[Gromacs] 数据库中没有对应的PDB文件的蛋白可以做Gromacs分子动力学....

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发表于 2014-9-26 10:16:02 | 显示全部楼层 |阅读模式

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某蛋白质A的结构和功能未知,是一个新蛋白,在PDB数据库中没有晶体结构的文件,即没有PDB文件可以下载。      已知 A蛋白有一个同源性达到了50%以上的模板蛋白质B,那么我想问,根据Discovery 同源建模得到 蛋白质A的一个优化模型,保存为PDB格式之后。能不能用这个PDB文件来做gromacs分子动力学模拟?
发表于 2014-9-26 10:27:30 | 显示全部楼层
跑动力学干什么啊,优化能量,应该是可以吧
发表于 2014-9-27 15:01:02 | 显示全部楼层
如果你建模是合理的话,是可以用来做动力学模拟的进一步分析的
发表于 2014-11-7 00:14:04 | 显示全部楼层
应该是一致性50%吧,可以跑模拟
发表于 2014-12-9 22:45:34 | 显示全部楼层
知道序列可以先进行预测结构,对多个结构进行模拟
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