KALP15 in DPPC咨询

东风巨浪 · 发表于 2014-9-24 01:12:25

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前段时间按教程做Tutorial 2: KALP15 in DPPC时，在进行到将dppc.pdb文件转换为gro文件卡住了，后面我是用editconf命令转换的，的那个是接下来的能量最小化过程时gmx grompp -f minim.mdp -c dppc128.gro -p topol_dppc.top -o em.tpr，报错了，error：ERROR 1 [file dppc.itp, line 112]: No default LJ-14 types 一共是29同样的错误。不知道怎么解决。求各位前辈指导。祝大家身体健康，学习进步！

浪模拟 · 发表于 2014-11-27 14:15:47

这个问题你解决了吗？

xiaomao_zhoubo · 发表于 2015-3-7 16:06:41

教材上说明了会产生1个致命错误，但这个错误并不影响模拟，因此在命令的末尾加上-maxwarn 1,忽略错误即可

Lei靐 · 发表于 2016-3-5 20:56:30

楼主在吗，请教你一下这个教程我做的时候也是这一步报错，但是提示Unknown atomtype HW。请问是怎么回事啊，还有前面要删除的时[ nonbond_params ]这一节中;; parameters for lipid-GROMOS interactions.及其后面所有的数据吗，一直到[ pairtypes ]之前？

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