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[AMBER] amber连续多步下的能量计算

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发表于 2014-9-19 17:51:16 | 显示全部楼层 |阅读模式

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一般情况下用amber计算结合自由能都是算的几ns的平均能量,现想了解下整个MD过程中的能量变化,请教怎么计算呢?下面是能量图:
QQ图片20140919175115.jpg
发表于 2014-9-21 11:05:23 | 显示全部楼层
整个MD过程中的能量变化---指的是体系能量,还是配体-受体相互能量?
 楼主| 发表于 2014-9-22 09:15:28 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-9-21 11:05
整个MD过程中的能量变化---指的是体系能量,还是配体-受体相互能量?

C:\Users\hp\Desktop\1.jpb
 楼主| 发表于 2014-9-22 09:17:17 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-9-21 11:05
整个MD过程中的能量变化---指的是体系能量,还是配体-受体相互能量?

deltaG(bind)=deltaG(complex)-deltaG(protein)-deltaG(ligand)
发表于 2014-9-22 10:51:25 | 显示全部楼层
璐璐 发表于 2014-9-22 09:17
deltaG(bind)=deltaG(complex)-deltaG(protein)-deltaG(ligand)

哦,是配体-受体相互作用能。用MM/GBSA和MM/PBSA是没法算了。要不试试QM方法?用高斯软件算
 楼主| 发表于 2014-9-23 09:53:58 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-9-22 10:51
哦,是配体-受体相互作用能。用MM/GBSA和MM/PBSA是没法算了。要不试试QM方法?用高斯软件算 ...

文献中说是: effective binding energies calculated by the MM-PBSA approach,脚本不知道怎么写
发表于 2014-9-23 11:47:05 | 显示全部楼层
璐璐 发表于 2014-9-23 09:53
文献中说是: effective binding energies calculated by the MM-PBSA approach,脚本不知道怎么写 ...

MM-PBSA吗?要不你把文献题目给我。我看看
 楼主| 发表于 2014-9-23 14:49:38 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-9-23 11:47
MM-PBSA吗?要不你把文献题目给我。我看看

好的,本来想上传的貌似上传不了附件,题目是”Binding Free Energy Calculations for Lead Optimization: Assessment of Their Accuracy in an Industrial Drug Design Context“  J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3331−3344
 楼主| 发表于 2014-10-15 11:35:43 | 显示全部楼层
mmpbsa方法计算的每个snapshot的deltaG值都存放在snapshot_statistics.out.snap这个文件中,由此可得出能量随时间的变化曲线
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