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楼主: 浪模拟

[其他] 请问比较方便做能量最小化的软件有哪些?

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发表于 2014-9-21 11:07:57 | 显示全部楼层
如果只是要做小分子能量最小化结构,即对接前小分子结构优化的话,用ChemAxon吧。学术免费申请。专家的认可度也还行。
发表于 2014-9-22 10:49:39 | 显示全部楼层
浪模拟 发表于 2014-9-17 11:17
导入psf和dcd后得到的是能量平衡后的结构,而我如果想要得到能量最小化后的结构,怎么处理? ...

dcd文件有很多帧,你看哪一帧达到平衡状态了,就取哪一帧就行了
 楼主| 发表于 2014-9-22 15:06:59 | 显示全部楼层
weili201 发表于 2014-9-22 10:49
dcd文件有很多帧,你看哪一帧达到平衡状态了,就取哪一帧就行了

能量最小化是蛋白质分子内所有的能量达到一个最小值,这是静态的结果。
而平衡后是蛋白质分子和周围溶剂达到一个动态的能量最小化的状态。不知道理解有没有问题?
那么取出平衡后的某一帧来,这一状态是蛋白质分子和周围溶剂的最小化能量状态,不是蛋白质分子能量最小化状态。
发表于 2014-9-23 09:58:42 | 显示全部楼层
浪模拟 发表于 2014-9-22 15:06
能量最小化是蛋白质分子内所有的能量达到一个最小值,这是静态的结果。
而平衡后是蛋白质分子和周围溶剂 ...

如果你有这个顾忌,那就不加溶剂,直接做平衡就好了
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