单机版Gromacs-4.6.6安装成功后为什么一直默认使用MPI

hongyibaixue

如题，Gromacs-4.6.6安装成功后，我尝试运行了一个1.pdb文件，Gromacs是可以正常运行的，但是我运行到正式MD这一步的时候，输入mdrun -v -deffnm md，提示“using 8 MPI ....”。使用MPI时，导致电脑的8个核不能及时调用，所以我不想使用MPI。我已经重新安装了gromacs好几次了，运行到这一步，都是使用MPI编译，求指导，如何安装Gromacs才能达到不使用MPI的目的？？？？我的安装过程是这样的：先安装 cmake3.0.1，然后安装gromacs，步骤是这样的
tar xfz gromacs-4.6.6.tar.gz
cd gromacs-4.6.6
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
make
sudo make install

请问，如何安装Gromacs才能达到不使用MPI的目的？？

zhangmao511

其实你不用重装GROMACS，看你的安装步骤也是单线程的GROMACS啊，没装并行的GROMACS啊。难道，4.6.6升级了，默认并行了？好了，无所谓了。。
你只需要再最后一步，选择你需要运行CPU的个数就可以了。
mpirun -np 12 mdrun -v -deffnm md，这个是选择12个核，你想一个核跑，就mpirun -np 1 mdrun_mpi -v -deffnm md，就可以了。。

不经意间的呐喊

mpirun -np X 群里面那天回复你了。你试了吗

hongyibaixue

不经意间的呐喊 发表于 2014-9-15 19:26
mpirun -np X 群里面那天回复你了。你试了吗

我试过了，提示没有-np这个选项，可能是版本不一样了。对了，我昨天问了好几个人，他们都说安装了Gromacs5.0也是默认 MPI

hongyibaixue

zhangmao511 发表于 2014-9-14 20:28
其实你不用重装GROMACS，看你的安装步骤也是单线程的GROMACS啊，没装并行的GROMACS啊。难道，4.6.6升级了， ...

提示没有-np这个选项，可能是版本不一样吧。现在安装了Gromacs5.0也是默认 MPI。。。

zhangmao511

不会吧。。应该有选择运行几个CPU的参数的。。