Gromacs模拟后如何计算氢键？？

zhangmao511 · 发表于 2014-9-14 13:00:54

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用Gromacs跑完分子模拟之后，想分析一下氢键和盐键。我知道Gromacs有g_hbond命令可以分析氢键，但是我想看哪个氨基酸上的H或O和另外哪个氨基酸上的H或O形成氢键（最好还能看模拟时间内氢键键长的变化），g_hbond命令的输出结果好像没有。不知道，有其他的方法可以看或者分析吗？？谢谢！！
（最后，小问一下，用Gromacs自带的saltbridge命令算出来的盐键，靠谱吗？？？）

zhangmao511 · 发表于 2014-9-14 20:30:40

自己顶一下。。

jianchen7882 · 发表于 2014-9-15 08:18:43

要定义氨基酸分组，然后咱看氨基酸形成的氢键变化，

jianchen7882 · 发表于 2014-9-15 08:21:08

对你感兴趣的氨基酸进行定义，在研究啊

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