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楼主: 史小史

[NAMD] NAMD自学笔记 适用于初学者

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发表于 2015-6-2 16:43:23 | 显示全部楼层
{:soso_e179:}
发表于 2015-6-11 22:14:24 | 显示全部楼层
你好,请问一个问题,我在周期边界条件下minimize开始两步的VDW都是无穷大,从第三步开始才开始降低,100步是降到5w多,其他一些值也有无穷大的。但是,log文件里面并没有报错,这个结果有问题吗?


部分log:
ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

ENERGY:       0     14181.0046      6622.0692      1171.3278        17.3086        -164698.5430 9999999999.9999         0.0000         0.0000         0.0000      9999999999.9999         0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999         0.0000      9999999999.9999 9999999999.9999    524394.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
MINIMIZER SLOWLY MOVING 3550 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
PRESSURE: 1 2.87749e+11 1.892e+11 -1.29038e+11 1.892e+11 2.14187e+11 -1.25246e+11 -1.29038e+11 -1.25246e+11 1.40999e+11
GPRESSURE: 1 2.87749e+11 1.892e+11 -1.29038e+11 1.892e+11 2.14187e+11 -1.25246e+11 -1.29038e+11 -1.25246e+11 1.40999e+11
ENERGY:       1     14231.3128      6628.3113      1171.8588        17.3108        -170554.4364 9999999999.9999         0.0000         0.0000         0.0000      9999999999.9999         0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999         0.0000      9999999999.9999 9999999999.9999    524394.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

MINIMIZER SLOWLY MOVING 2892 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
PRESSURE: 2 1.58379e+10 -1.0819e+10 -6.96766e+09 -1.0819e+10 1.29903e+10 5.79707e+09 -6.96766e+09 5.79707e+09 1.04785e+10
GPRESSURE: 2 1.58379e+10 -1.0819e+10 -6.96765e+09 -1.0819e+10 1.29904e+10 5.79706e+09 -6.96766e+09 5.79707e+09 1.04786e+10
ENERGY:       2     14298.5417      6633.9598      1172.2533        17.3108        -168743.2560 9999999999.9999         0.0000         0.0000         0.0000      9999999999.9999         0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999         0.0000      9999999999.9999 9999999999.9999    524394.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

MINIMIZER SLOWLY MOVING 2279 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
PRESSURE: 3 6.34368e+09 -3.70087e+09 -2.83501e+09 -3.70087e+09 3.12657e+09 1.53744e+09 -2.83501e+09 1.53744e+09 2.12234e+09
GPRESSURE: 3 6.3437e+09 -3.70087e+09 -2.83501e+09 -3.70088e+09 3.12659e+09 1.53744e+09 -2.83501e+09 1.53744e+09 2.12237e+09
ENERGY:       3     14340.2791      6638.9210      1172.2533        17.3108        -165571.4263 7288678040.6184         0.0000         0.0000         0.0000      7288534637.9563         0.0000 7288534637.9563 7288534637.9563         0.0000      3864196323.5888 3864219281.6855    524394.0000 3864196323.5888 3864219281.6855
 楼主| 发表于 2015-7-3 11:45:23 | 显示全部楼层
qianlang 发表于 2015-6-11 22:14
你好,请问一个问题,我在周期边界条件下minimize开始两步的VDW都是无穷大,从第三步开始才开始降低,100步 ...

这个没问题的 跑到最后能量就不会变化了 就是说达到了平衡
发表于 2015-7-4 20:55:18 | 显示全部楼层
史小史 发表于 2015-7-3 11:45
这个没问题的 跑到最后能量就不会变化了 就是说达到了平衡

好的,Thx
发表于 2015-9-8 16:07:07 | 显示全部楼层
我刚刚用NAMD跑完一个30000多原子的体系,设置文件除了output中后面4项参数都为1000,其他的跟你一样,跑了5ns,但是最后蛋白质的轨迹文件跑出了水盒子,这可能是什么原因呢?
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