活性口袋做图

小萌物

taniyalee 发表于 2014-9-22 09:55
请问这个插件在哪里可以下载

官方网站：http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/pocketpicker/
下载地址：http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/pocketpicker/PocketPicker_1.0.zip。
由于这个插件计算很慢，建议还是换个软件试试，而且根据BioMS群里的朋友反应的问题，这个插件并不是那么容易安装，好像与PyMOL版本也有关系。需要根据教程修改几句代码，我自己以前也是这样做的。
教程中是这么说的：

1. “Furthermore the absolute path to the PocketPicker-Plugin folder has to be entered in the PocketPocker_Plugin.py file in line 42 (Linux) or line 45 (Windows). Preset are the paths of the standard English installation”。

复制代码

LigandKicker_1.0.py中修改的路径（路径中不能有中文）如下：

1. cmd.do('run  PocketPicker_1.0.py的绝对路径') #这句代码是软件的关键命令。如果你提取出A链，且移除了非蛋白分子，直接在PyMOL命令窗口运行“run PocketPicker_1.0.py的绝对路径”即可运行这个插件。

复制代码

PocketPicker_Plugin.py中修改的路径如下：

1. PATH_PyMOL='PyMOL的据对路径'，如：‘E:\\EnglishFolder\\Pymol\\’
   
2. SCRIPT_PATH_PP='LigandKicker_1.0.py的绝对路径'
   
3. SCRIPT_PATH_SR='cgo_restore_1.0.py的绝对路径'

复制代码

其实有些问题我自己也不清楚，希望没有误导到大家。如果您要具体了解这个软件和相关软件，可以自己详细去看相关文献和教程。
其实这个软件代码挺容易理解，如果采用静态数组来处理变量，用C语言编写就快很多，可能作者的代码里面有一点bug，这个还是挺难发现的，这种问题就可能导致死循环，算很久都没结果。