NAMD模拟中，psf文件的生成

史小史 · 发表于 2014-8-28 09:41:34

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用所建的top文件生成psf文件过程中，在所建模型的中心多了一个氢原子是怎么回事？而且由于多了一个氢原子在加水盒子的时候容易乱

史小史 · 发表于 2014-8-28 09:42:30

是因为原始结构不正确才导致的？还是由于所建top文件的问题？

史小史 · 发表于 2014-8-28 10:07:13

这个H原子本来是卟啉环上的H 结果跑到中心去了这是怎么回事？求高人解答啊

史小史 · 发表于 2014-8-30 14:27:07

此问题已经找到答案我所生成的pdb坐标文件是错误的所以生成了这种psf文件

川大-灰太狼 · 发表于 2014-8-30 15:19:09

中心不应该是铁原子吗？

史小史 · 发表于 2014-8-30 15:28:08

川大-灰太狼发表于 2014-8-30 15:19
中心不应该是铁原子吗？

不是我这个是不带金属的

半里格 · 发表于 2017-3-6 15:37:40

川大-灰太狼发表于 2014-8-30 15:19
中心不应该是铁原子吗？

请问，如果中心是铁原子，跑动力学之前应该如何处理？

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[NAMD] NAMD模拟中，psf文件的生成