生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 1429|回复: 6

[NAMD] NAMD模拟中,psf文件的生成

[复制链接]
发表于 2014-8-28 09:41:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
用所建的top文件生成psf文件过程中,在所建模型的中心多了一个氢原子是怎么回事?而且由于多了一个氢原子在加水盒子的时候容易乱
QQ图片20140828094022.jpg
 楼主| 发表于 2014-8-28 09:42:30 | 显示全部楼层
是因为原始结构不正确才导致的?还是由于所建top文件的问题?
 楼主| 发表于 2014-8-28 10:07:13 | 显示全部楼层
这个H原子本来是卟啉环上的H 结果跑到中心去了 这是怎么回事?求高人解答啊
 楼主| 发表于 2014-8-30 14:27:07 | 显示全部楼层
此问题已经找到答案 我所生成的pdb坐标文件是错误的 所以生成了这种psf文件
发表于 2014-8-30 15:19:09 | 显示全部楼层
中心不应该是铁原子吗?
 楼主| 发表于 2014-8-30 15:28:08 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-8-30 15:19
中心不应该是铁原子吗?

不是 我这个是不带金属的
发表于 2017-3-6 15:37:40 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-8-30 15:19
中心不应该是铁原子吗?

请问,如果中心是铁原子,跑动力学之前应该如何处理?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-6-20 17:48 , Processed in 0.172498 second(s), 30 queries .

Powered by Discuz! X3.3

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表