分子动力学GMX离子液体PF6阴离子立场问题

zhangyforever · 发表于 2012-11-4 15:07:30

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请教 PF6 阴离子立场的书写

Babyblue · 发表于 2012-11-6 17:47:30

看看有没有相关文献的报道，有的话直接写信给作者要即可！没有的话，可能自己构建。

一个是用GMX处理小分子的方式来对待这个离子，可以使用PRODRG2 Server来处理！电荷的话，如果该服务器处理不好，那就用高斯来从头算！

另外就是用借助ambertools工具来实现，基本过程可以参考amber官网教程处理小分子的办法，然后产生离子的amber格式的拓扑参数，最后用amb2gmx.pl程序转成gmx格式的拓扑参数即可！

希望对你有所帮助！

zhangyforever · 发表于 2012-11-7 09:15:21

Babyblue 发表于 2012-11-6 17:47

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看看有没有相关文献的报道，有的话直接写信给作者要即可！没有的话，可能自己构建。

一个是用GMX处理小分 ...

谢谢

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