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[其他] 动力学模拟小谈

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发表于 2014-8-26 13:46:27 | 显示全部楼层 |阅读模式

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自己做分子动力学模拟有一段时间了,根据网上别人做的一些小技巧,融入到自己的模拟中,现在给大家分享一下:
一般来说,用gromacs跑动力学模拟的速度最快,其次是NAMD、amber,MMTK最慢;我自己一般对可溶性蛋白体系用ambertools建模型,ambertools里加载小分子、金属酶体系、磷酸化信息等比较方便,当然NAMD中加入小型topology参数也不难。常用的体系平衡离子Na+、Cl-、Ca+、Mg+等可以在ambertools或vmd的autoionize中直接生成,对于需要一定离子浓度的体系,在ambertools中需要根据水盒子大小换算,在vmd中可以直接加入。对于脂溶性的膜蛋白体系,首先要建好所需要的磷脂双分子膜类型,在vmd中可以直接生成POPC、POPE两种类型的膜,这对于不严格要求分析膜作用的研究体系足够了,还可以通过http://www.charmm-gui.org在线服务器直接加入需要的膜类型,当然这里生成的体系结构有很多不合理的地方,需要优化,有时要长时动力学平衡;接下来就是嵌入膜蛋白,避免与体系其他原子overlap以及空间位置的摆放(可以在http://opm.phar.umich.edu/上查找膜蛋白的orientation,用vmd来调整摆放位置),然后就是膜两侧加水盒子,平衡离子;最后对于不同的体系采取不同步骤最小化、加热、平衡,用不同参数指标检查轨迹文件,达到平衡后的长时production拿来分析模拟过程。算结合能我通常直接用ambertools里的mmpbsa模块计算。
gromacs的模块我用起来不顺手,MMTK太耗时,基本上都是用vmd、ambertools建模,结合着NAMD或amber来模拟体系。

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发表于 2014-10-24 09:14:49 | 显示全部楼层
顶一下,支持                                 
发表于 2014-10-24 20:40:31 | 显示全部楼层
楼主可以更详细的写写
发表于 2014-10-25 19:10:01 | 显示全部楼层
每一句话都值得认真研究啊。
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