关于AMBER对金属离子MCPB的使用

北极熊在飞

官网教程A20示范的1AMP是位点中的2个ZN离子和蛋白的sidechain认为有link

所以在sidechain.bcl  中可以分别把ZN和sidechain中的原子给虚拟成键，但是问题来了

我自己的体系中并不完全是sidechain的原子，而是金属离子跟主链上的O原子之间进行LINK，
这时候sidechain似乎就无法处理了:

createBond /NAME/CLR/CA1/C0.. /NAME/CLR/TR1/.O..
.O..就是PDB中的O原子，且是主链上的O原子，但是程序报错：

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### Function: selection::parse ###
### Message:  /col/mol/smol/atom selection error (7) ... exiting
### ### ### ###

### ### ### ###
### MTK++ Error ###
### Function: MCPB::createBond ###
### Message:  Error in selection parsing ... exiting
### ### ### ###

大意就是原子的选择不对，不能进行createBond

将.O..改成 .CG1. 也就是sidechain中的C原子，程序就能正常，所以似乎只能进行金属离子和sidechain上的原子之间
的参数计算？？？

但是我的体系确实有2个原子都是主链上的O原子，请教有经验的高手对于这种情况怎么办？

谢谢