同源模建个人总结-1.0.2版

wukai4308 · 发表于 2013-10-23 19:12:16

本帖最后由 wukai4308 于 2013-10-23 20:57 编辑

大工-阿里巴巴发表于 2013-10-23 13:47

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你的意思是模板有一段结构在你的目标序列里没有对应的序列是吗？有多长呢？正常这种情况下不会影响你的模 ...

对的，就是这个意思，最大的连续有25个gaps，我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上，图上我用红绿黄标出来了，errat这部分也认为很可能是错的，这种状况怎么办呢？

Identity30%的模板建的。能用吗？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-23 19:40:10

wukai4308 发表于 2013-10-23 19:12

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对的，就是这个意思，最大的连续有25个gaps，我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上，图上我用红绿黄标 ...

我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得到的结构。比如I-TASSAR。第二个是你需要判断你的活性位点在哪，这些loop是接近还是远离活性位点，如果只是做对接的话，远离活性位点的残基对于对接结果的影响是相对较小的。30%算是同源模建的临界值了~哈哈

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-23 19:40:13

wukai4308 发表于 2013-10-23 19:12

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对的，就是这个意思，最大的连续有25个gaps，我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上，图上我用红绿黄标 ...

我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得到的结构。比如I-TASSAR。第二个是你需要判断你的活性位点在哪，这些loop是接近还是远离活性位点，如果只是做对接的话，远离活性位点的残基对于对接结果的影响是相对较小的。30%算是同源模建的临界值了~哈哈

wukai4308 · 发表于 2013-10-23 20:56:37

大工-阿里巴巴发表于 2013-10-23 19:40

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我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得 ...

非常感谢，我还得多看些文献！这个网站非常给力！

wukai4308 · 发表于 2013-10-24 18:26:15

大工-阿里巴巴发表于 2013-10-23 19:40

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我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度，第一个是可能需要选取别的模建软件，尝试下建模得 ...

楼主，还得请教您一下，我现在找到一个模板可以把loop区对上，但是比对到C端部分，模板上就缺失了（就是说我target序列比模板序列要长），这种情况怎么办呢？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-24 19:24:09

wukai4308 发表于 2013-10-24 18:26

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楼主，还得请教您一下，我现在找到一个模板可以把loop区对上，但是比对到C端部分，模板上就缺失了（就是 ...

这不就是多模板建模的好处吗？哈哈~很多模建软件是可以实现多模板建模的。
你以homology modeling hybrid template为关键词在google搜索，有很多可实现的软件或者服务器

wukai4308 · 发表于 2013-10-24 19:28:36

大工-阿里巴巴发表于 2013-10-24 19:24

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这不就是多模板建模的好处吗？哈哈~很多模建软件是可以实现多模板建模的。
你以homology modeling hybrid ...

请问，多选几个模板就是多模板建模吗？请问有什么参数可调吗因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各自的优势额~

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-24 20:04:41

wukai4308 发表于 2013-10-24 19:28

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请问，多选几个模板就是多模板建模吗？请问有什么参数可调吗因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各 ...

参数在有些软件中是可调的，比如modeller,但是我做这种类型的模建基本都是用YASARA（商业软件)做的，比较智能

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-24 20:04:43

wukai4308 发表于 2013-10-24 19:28

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请问，多选几个模板就是多模板建模吗？请问有什么参数可调吗因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各 ...

参数在有些软件中是可调的，比如modeller,但是我做这种类型的模建基本都是用YASARA（商业软件)做的，比较智能

qiujingwen90 · 发表于 2014-3-5 19:10:45

楼主这帖子太赞了

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