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[原创] 同源模建个人总结-1.0.2版

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 楼主| 发表于 2013-10-23 13:47:44 | 显示全部楼层

你的意思是模板有一段结构在你的目标序列里没有对应的序列是吗?有多长呢?正常这种情况下不会影响你的模建啊
发表于 2013-10-23 19:12:16 | 显示全部楼层
本帖最后由 wukai4308 于 2013-10-23 20:57 编辑
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 13:47
你的意思是模板有一段结构在你的目标序列里没有对应的序列是吗?有多长呢?正常这种情况下不会影响你的模 ...

对的,就是这个意思,最大的连续有25个gaps,我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上,图上我用红绿黄标出来了,errat这部分也认为很可能是错的,这种状况怎么办呢?

Identity30%的模板建的。能用吗?
捕获.PNG
disorder area.png
 楼主| 发表于 2013-10-23 19:40:10 | 显示全部楼层
wukai4308 发表于 2013-10-23 19:12
对的,就是这个意思,最大的连续有25个gaps,我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上,图上我用红绿黄标 ...

我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度,第一个是可能需要选取别的模建软件,尝试下建模得到的结构。比如I-TASSAR。第二个是你需要判断你的活性位点在哪,这些loop是接近还是远离活性位点,如果只是做对接的话,远离活性位点的残基对于对接结果的影响是相对较小的。30%算是同源模建的临界值了~哈哈
 楼主| 发表于 2013-10-23 19:40:13 | 显示全部楼层
wukai4308 发表于 2013-10-23 19:12
对的,就是这个意思,最大的连续有25个gaps,我看了下gaps基本都在得到的模型的loop上,图上我用红绿黄标 ...

我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度,第一个是可能需要选取别的模建软件,尝试下建模得到的结构。比如I-TASSAR。第二个是你需要判断你的活性位点在哪,这些loop是接近还是远离活性位点,如果只是做对接的话,远离活性位点的残基对于对接结果的影响是相对较小的。30%算是同源模建的临界值了~哈哈
发表于 2013-10-23 20:56:37 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 19:40
我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度,第一个是可能需要选取别的模建软件,尝试下建模得 ...

非常感谢,我还得多看些文献!这个网站非常给力!
发表于 2013-10-24 18:26:15 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-23 19:40
我觉得能不能用可能取决于你对这个蛋白结构的了解程度,第一个是可能需要选取别的模建软件,尝试下建模得 ...

楼主,还得请教您一下,我现在找到一个模板可以把loop区对上,但是比对到C端部分,模板上就缺失了(就是说我target序列比模板序列要长),这种情况怎么办呢?
 楼主| 发表于 2013-10-24 19:24:09 | 显示全部楼层
wukai4308 发表于 2013-10-24 18:26
楼主,还得请教您一下,我现在找到一个模板可以把loop区对上,但是比对到C端部分,模板上就缺失了(就是 ...

这不就是多模板建模的好处吗?哈哈~很多模建软件是可以实现多模板建模的。
你以homology modeling hybrid template为关键词在google搜索,有很多可实现的软件或者服务器
发表于 2013-10-24 19:28:36 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2013-10-24 19:24
这不就是多模板建模的好处吗?哈哈~很多模建软件是可以实现多模板建模的。
你以homology modeling hybrid  ...

请问,多选几个模板就是多模板建模吗?请问有什么参数可调吗 因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各自的优势额~
 楼主| 发表于 2013-10-24 20:04:41 | 显示全部楼层
wukai4308 发表于 2013-10-24 19:28
请问,多选几个模板就是多模板建模吗?请问有什么参数可调吗 因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各 ...

参数在有些软件中是可调的,比如modeller,但是我做这种类型的模建基本都是用YASARA(商业软件)做的,比较智能
 楼主| 发表于 2013-10-24 20:04:43 | 显示全部楼层
wukai4308 发表于 2013-10-24 19:28
请问,多选几个模板就是多模板建模吗?请问有什么参数可调吗 因为我建出来的结果貌似没有发挥两个模板各 ...

参数在有些软件中是可调的,比如modeller,但是我做这种类型的模建基本都是用YASARA(商业软件)做的,比较智能
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