同源模建个人总结-1.0.2版

璐璐 · 发表于 2013-6-29 14:52:15

大工-阿里巴巴发表于 2013-6-29 13:21

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http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/PEP-FOLD/
有打分~但是是否可靠需要你自己去判断~可以试试这 ...

好的，谢谢

xiaomao_zhoubo · 发表于 2013-8-12 12:25:14

谢谢，收益良多

candice · 发表于 2013-9-6 15:22:42

谢谢拉写的很详细，学习了{:soso_e100:}

kenhtsjj · 发表于 2013-10-8 10:51:37

学习了，不知道何时更新？等待……

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-8 14:10:38

kenhtsjj 发表于 2013-10-8 10:51

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学习了，不知道何时更新？等待……

因为同源模建涉及的内容比较广泛，同学可以提下自己想了解什么方面的内容，我好针对性的更新~哈哈

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-8 14:10:41

kenhtsjj 发表于 2013-10-8 10:51

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学习了，不知道何时更新？等待……

因为同源模建涉及的内容比较广泛，同学可以提下自己想了解什么方面的内容，我好针对性的更新~哈哈

wukai4308 · 发表于 2013-10-22 14:54:06

希望楼主能赐教下怎么解决比对中缺失部分建模的问题呢？这部分按您所说的errat检测后表明是很不可信的部分额，是否会影响以后的dock呢，如果影响到底怎么优化啊？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-22 16:34:19

wukai4308 发表于 2013-10-22 14:54

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希望楼主能赐教下怎么解决比对中缺失部分建模的问题呢？这部分按您所说的errat检测后表明是很不可信的部分 ...

缺失部分的建模得看看缺失这部分可能的二级结构和长度，一般来说，如果通过二级结构预测可能是loop并且比较长的话，模建出来的结果会比较不可信，即使通过较长时间的MD等手段也未必能提高精度。如果这个区域在活性位点附近，我觉得是会影响你的dock结果的。如果有多个模板的话，尽量用多模板建模尝试下看看能不能有覆盖这个区域的其它模板结构

wukai4308 · 发表于 2013-10-22 19:09:01

大工-阿里巴巴发表于 2013-10-22 16:34

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缺失部分的建模得看看缺失这部分可能的二级结构和长度，一般来说，如果通过二级结构预测可能是loop并且比 ...

我是目标序列有缺失，但是建模的模板是不缺失的，不好预测二级结构啊，该怎么办呢？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-10-23 13:47:44

wukai4308 发表于 2013-10-22 19:09

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我是目标序列有缺失，但是建模的模板是不缺失的，不好预测二级结构啊，该怎么办呢？ ...

你的意思是模板有一段结构在你的目标序列里没有对应的序列是吗？有多长呢？正常这种情况下不会影响你的模建啊

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