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楼主: 爱笑的格格

模拟突变后的蛋白质优化问题

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发表于 2013-8-6 21:46:00 | 显示全部楼层
我用的薛定谔,直接选中某残基,右击改成你要的残基就ok了

你好,格格,感觉直接将残基突变这个方法比较简单,那突变完之后是需要重新生成prmtop文件,再计算结合能吗?
 楼主| 发表于 2013-12-4 15:54:49 | 显示全部楼层
你好,格格,感觉直接将残基突变这个方法比较简单,那突变完之后是需要重新生成prmtop文件,再计算结合能 ...

薛定谔计算能量是不要生成这个坐标文件的。
发表于 2013-12-4 16:12:37 | 显示全部楼层
催化三联体?不会也是alpha/beta水解酶家族的吧~哈哈~结合自由能对于解释对映体选择性还是很有帮助的,你 ...

这个氢键角度怎么测?
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