模拟突变后的蛋白质优化问题

爱笑的格格 · 发表于 2013-8-2 17:04:11

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大虾们，我模建了一个蛋白，跑动力学取了瞬时稳定结构，生物实验结果发现某突变体催化选择性较好，我试图用分子模拟来解释这个现象，现在模拟突变了那几个残基，不知道用什么蛋白优化方法来为后面的分子对接做准备，请给点建议，万分感谢~~~

川大-灰太狼 · 发表于 2013-8-3 15:00:33

首先，你需要搞清楚催化选择性与哪些因素有关，然后你才能开始模拟。你心里有了基本的模拟方案，才一步一步的去验证你的猜测。方法则是根据你想达到的目的去选择的！

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-8-3 15:12:24

催化选择性指的是底物选择性还是对映体选择性呢？要是前者，通过对接和动力学可以初步的给予解释，要是后者，恐怕就得用QM/MM了

爱笑的格格 · 发表于 2013-8-3 21:25:12

催化选择性指的是底物选择性还是对映体选择性呢？要是前者，通过对接和动力学可以初步的给予解释，要是后者 ...

谢谢阿里，是对映体选择性

爱笑的格格 · 发表于 2013-8-3 15:12:00

首先，你需要搞清楚催化选择性与哪些因素有关，然后你才能开始模拟。你心里有了基本的模拟方案，才一步一步 ...

比较单纯的想法是突变的几个位点对催化三联体有影响，想从对接pose和结合自由能方面来解释的，不知道能不能行得通。我求助的蛋白优化方法实际是想了解有什么精确一点的蛋白优化方法，容易上手也不耗时。

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-8-3 21:54:31

比较单纯的想法是突变的几个位点对催化三联体有影响，想从对接pose和结合自由能方面来解释的，不知道能不 ...

催化三联体？不会也是alpha/beta水解酶家族的吧~哈哈~结合自由能对于解释对映体选择性还是很有帮助的，你的想法也是很正确的。第一个是仔细分析类似复合物体系中对映体偏好性的影响因素，比如氢键的距离和角度，以及对映体本身的pose上的区别。第二个就是条件允许一定要做结合自由能的计算，不管是AMBER的MMPBSA或者是GROMACS的BAR/FEP。对接得到的结合能是比较不准确的，用在一般的文章里有可能糊弄过关(IF<4)

爱笑的格格 · 发表于 2013-8-3 15:00:00

催化三联体？不会也是alpha/beta水解酶家族的吧~哈哈~结合自由能对于解释对映体选择性还是很有帮助的，你 ...

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嗯呢，晓得了，谢谢阿里哦~

N.S. · 发表于 2013-8-6 21:46:05

LZ你好，我想问一下你的残基突变是怎么做的，是直接在跑完动力学模拟的基础上突变的，还是突变后跑的动力学模拟，用什么方法进行残基突变的，

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-8-3 21:54:00

LZ你好，我想问一下你的残基突变是怎么做的，是直接在跑完动力学模拟的基础上突变的，还是突变后跑的动力学 ...

残基突变有多种办法，基本上用不着跑动力学，做一下简单的局部优化就可以，pymol, FoldX， MVD都可以做，前两者是免费的，我倾向于用中间的那个，YASARA view可以做为FoldX的GUI,使用起来还是很方便的

爱笑的格格 · 发表于 2013-8-11 14:30:45

LZ你好，我想问一下你的残基突变是怎么做的，是直接在跑完动力学模拟的基础上突变的，还是突变后跑的动力学 ...

我用的薛定谔，直接选中某残基，右击改成你要的残基就ok了

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