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关于蛋白酶分子动力学模拟过程中的束缚问题和静电屏蔽

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发表于 2014-3-3 20:24:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,想请教各位大神,如果我们用DS软件做一个蛋白酶的分子动力学,怎么设置束缚算是合理的呢?是全部束缚住吗?还是束缚局部?束缚的力度该多大?我们知道蛋白酶催化时构象变化比较大,是不是不应该束缚结合区域?如果我想屏蔽掉静电相互作用,该怎么做呢?加上溶剂算不算呢?还是要加上水?跪求详细解答呀~尤其是DS软件中分子动力学各个参数的意思,初学,好多都不懂。。。。
发表于 2014-3-4 08:28:43 | 显示全部楼层
建议你不要用DS做动力学
 楼主| 发表于 2014-3-4 08:56:43 | 显示全部楼层
建议你不要用DS做动力学

用Gromacs吗?可是这个软件对硬件有什么要求吗?我们的电脑可以配置DS,不知道这个软件可以配置吗
发表于 2014-3-4 08:28:00 | 显示全部楼层
如果是单机的话,估计不行,有服务器的话可以考虑。。
 楼主| 发表于 2014-3-4 11:30:37 | 显示全部楼层
如果是单机的话,估计不行,有服务器的话可以考虑。。

实验室有主机,还有四五个DELL的机子。专门是给DS和Sybol配置的,不知道Gromacs可以吗?还是一定要去超算中心购买他们的服务呢?
发表于 2014-3-5 14:45:01 | 显示全部楼层
实验室有主机,还有四五个DELL的机子。专门是给DS和Sybol配置的,不知道Gromacs可以吗?还是一定要去超算 ...

GROMACS 免费开源。配置太低的话跑的时间会很长。没用过DS.
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