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[AMBER] 关于带电荷的小分子用AMBER做动力学问题

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发表于 2012-11-1 16:15:49 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请教各位,用AMBER,对离子液体与酶的复合物可以做动力学模拟吗?
比如:氯化1-丁基-3-甲基咪唑。具有阴阳离子,并且还带电荷。这个怎么做呢?
退之一步,我不考虑cl-,只考虑阳离子那串长链能做动力学吗?带有一个正电荷
谢谢

0.jpg

发表于 2012-11-1 16:18:08 | 显示全部楼层
可以,不知道你所说的是不是体系电荷不为零?还是小分子带电荷?
小分子的立场比较好实现

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 楼主| 发表于 2012-11-1 16:21:44 | 显示全部楼层

整个离子液体系是电荷为中性的。。
最理想的状态是整套离子液的prmtop参数可以做出来。但是动力学可以做这样阴阳离子的吗?
如果整套做不出来,退一步,我只做阳离子的,可行吗?
发表于 2012-11-1 16:24:50 | 显示全部楼层
可以做,你这里所说的离子液,不知道溶剂是什么?
 楼主| 发表于 2012-11-1 16:27:17 | 显示全部楼层
Babyblue 发表于 2012-11-1 16:24
可以做,你这里所说的离子液,不知道溶剂是什么?

离子液就是诸如我贴图的那个结构,溶剂是水
 楼主| 发表于 2012-11-7 10:26:03 | 显示全部楼层
Babyblue 发表于 2012-11-1 16:24
可以做,你这里所说的离子液,不知道溶剂是什么?

领哥,看了下,得要自己写力场了。请问力场主要参数是哪些呢?网上有没有AMBER写小分子力场的教程?谢谢
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