g_mmpbsa的能量计算问题

哆啦A梦 · 发表于 2014-8-14 08:43:07

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

求教:g_mmpbsa

tutorial中1EBZ的ΔGbind=-210KJ/mol。而实验中1EBZ的Ki=0.4nM,根据ΔGbind = RT ln IC50 计算得到的ΔGbind=-53.973KJ/mol。这两个值并不相同，难道有换算关系？本人刚学此软件，小菜鸟还望大神指导

哆啦A梦 · 发表于 2014-8-19 07:37:13

谢谢，一般近似处理的话，文献上都用Ki=IC50。看来只能相互比较了，不能和实验值比

zhuimeng0812 · 发表于 2014-10-16 16:46:29

本帖最后由 zhuimeng0812 于 2014-10-16 16:58 编辑

我用g_mmpbsa计算的，apolar.xvg这一项，明显不和实际，是怎么回事？求指教

我用g_mmpbsa计算蛋白和小分子的结合能量，
算non-polar用的是SASA模型，但是算出来数值偏大好多，是不是哪里的细节问题没有注意到，
求指教

用到的命令：g_mmpbsa -f 7-8ns.xtc -s md.tpr -i nonpolar-wca.mdp -n mm.ndx -nomme -pbsa -decomp -apol apolar.xvg -apcon apolar.dat

计算结果：各项的平均值 -280.6840392(vdw) -136.934098(ele) -417.6181961(gas) -245.935(nonpolar) 203.581(polar)

请赐教

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[Gromacs] g_mmpbsa的能量计算问题

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

点评