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[Pymol] Pymol里怎么样实现2个残基的连接啊??谢谢

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发表于 2014-8-7 18:35:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 zhangmao511 于 2014-8-7 18:38 编辑

我想问一下,在Pymol里,怎么将2个残基连接起来啊?在chimera 里是通过将2个残基的H原子选择上,再进行连接操作,在PYMOL里怎么实现呢?谢谢
下面的蓝色的残基和上面的红色的残基,怎么样能连接在一起呢?在Pymol里如何实现啊?


[img]file:///c:\users\administrator\documents\tencent files\37010583\image\61do6h0~0w26)j[5kklkwod.jpg[/img]

QQ图片20140807183235.jpg
发表于 2014-8-8 10:16:04 | 显示全部楼层
先切换到编辑模式,点选两个原子,输入Bond 命令,就可以把两个原子键连起来。
QQ截图20140808101919.png

QQ截图20140808102018.png

QQ截图20140808102032.png
发表于 2014-8-8 10:25:24 | 显示全部楼层
赞。学习受教
 楼主| 发表于 2014-8-8 21:44:13 | 显示全部楼层
我试了一下,可是连接之后,成这个样子了。

QQ图片20140808214022.jpg
 楼主| 发表于 2014-8-8 21:52:03 | 显示全部楼层
我想要的不是上面这个连接,上面这个连接只能在一个PDB文件下进行连接吧。。
我的情况是这样的,我有一个蛋白A(就是上图绿色的),和一个小分子B(上图天蓝色的),我想这个让小分子B和蛋白A的第99位赖氨酸(上图红色的)连接成一个新的氨基酸(小分子B需要连到第99位赖氨酸上,其实小分子B就是一个修饰基团)。
Pymol可以做到吗??听说Pymol是全球最牛的可视化软件,没有之一。。。
 楼主| 发表于 2014-8-8 21:52:54 | 显示全部楼层


我想要的不是上面这个连接,上面这个连接只能在一个PDB文件下进行连接吧。。
我的情况是这样的,我有一个蛋白A(就是上图绿色的),和一个小分子B(上图天蓝色的),我想这个让小分子B和蛋白A的第99位赖氨酸(上图红色的)连接成一个新的氨基酸(小分子B需要连到第99位赖氨酸上,其实小分子B就是一个修饰基团)。
Pymol可以做到吗??听说Pymol是全球最牛的可视化软件,没有之一。。。
发表于 2014-8-8 23:15:49 | 显示全部楼层
你直接在pymol里面,在你想添加的残基上面画出你的小分子就可以了,不需要你去链接起来!
发表于 2015-1-28 19:04:25 | 显示全部楼层
赞!!{:soso_e179:}
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