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[Pymol] chimera答疑贴

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发表于 2013-12-18 22:38:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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受阿里pymol答疑贴的激发,现论坛同时开辟vmd答疑贴,chimera答疑贴,与各位同学共同进步,希望管理员及各位版主鼎力相助,在此拜谢!
发表于 2013-12-19 08:13:55 | 显示全部楼层
支持飞天哥倡议的活动~希望大家都一起参与进来,学习VMD和chimera

点评

一起学习啊  发表于 2013-12-19 17:48
发表于 2013-12-19 11:43:57 | 显示全部楼层
全力支持飞天兄的活动~
大家也都一起参与进来,学习VMD和chimera。
Pymol有它的长处,这两个有他们的更长处!

点评

确实每个都有特点,还是都得摸索一下  发表于 2013-12-19 17:48
发表于 2013-12-19 13:56:16 | 显示全部楼层
飞天哥,请教一个小问题:我想把我显示与配体周围的一些有用氨基酸stick,却隐藏其余的氨基酸并以ribbon显示,如何实现呢{:soso_e199:}
 楼主| 发表于 2013-12-19 17:17:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 eming 于 2013-12-19 17:33 编辑

一般来说,你用chimera打开你的复合物的时候,就是一要的状态,但是可能要显示某些氨基酸(stick),然后全部的氨基酸都用ribbon来显示,可以这样实现:
! 可以先清除所有的显示
  1. ~disp #0  
复制代码
! (menu的actions--Atoms/bonds---hide)
  1.   ~ribbon #0
复制代码
! (menu的actions--ribbons--hide)
  1. disp ligand
复制代码
! (先Select下的--residue---YOUR_LIGAND_NAME, 然后Actions--Atoms/bonds---show,sticks, 别忘了 select---unselect,因为有时候自己选了东西可能会忘记,结果操作其他的时候,就没有响应)
  1. focus ligand
复制代码
!  (Actions---Focus, 使其处于center)

!  (可以定义一下你要显示的氨基酸)
  1. alias binding_site #0:123,124,126-129
复制代码
!  (随便举的例子啊,或者直接disp #0:123,124,126-129, 假如你的ligand的缩写的三个字母是ZTI,想显示周围4A 以内的氨基酸,可以disp #0:ZTI zr<4)
  1. disp binding_site
复制代码
! (下一步显示你所有的氨基酸的Ribbon)
  1. ribbon protein
复制代码
! (大功告成)

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发表于 2015-10-9 23:13:30 | 显示全部楼层
运用chimera给蛋白质分子加入的是长方形水盒子,整体的盒长如何确定?
发表于 2016-5-28 10:57:19 | 显示全部楼层
楼主大人,我想请教一下,用chimera将加了水盒子的pdb文件转换成prmtop格式,出现原子类型分配问题导致出错,怎么解决呢?
QQ图片20160528110354.png
发表于 2017-4-13 16:48:00 | 显示全部楼层
你好,我是学习材料重构这块的,现在也在学习Chimera这个软件,看了生物的使用要导入PDB文件什么的,但是我读文献发现这个软件能将任意的一条或者几条三维方向的线结构(不是生物结构就是随意的几根线)按照其轨迹用不同的颜色重新描出来,而使原始结构不可见只保留重描后的结果,请问您知道这个是怎么实现的吗?
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