ledock盒子的确定

草原001 · 发表于 2016-2-5 21:01:21

太好了，努力学习中，谢啦！

许青良 · 发表于 2017-3-29 12:29:34

请问，假如我的对接口袋是一个长方体形状，而且是水平方向的长方体，在vmd中执行完source boxer.tcl set active_site [atomselect top "same residue as within 4 of resname 0QH"]以后出现的box是一个倾斜的box,请问能否对box进行旋转，使其能够和受体本身的口袋方向相一致。

eming · 发表于 2017-3-29 20:53:09

许青良发表于 2017-3-29 12:29
请问，假如我的对接口袋是一个长方体形状，而且是水平方向的长方体，在vmd中执行完source boxer.tcl set a ...

跟据ledock开发者赵博士建议，你可以先把蛋白旋转到一定的角度后（整个坐标都要变换），再确定盒子

许青良 · 发表于 2017-3-29 21:01:04

许青良发表于 2017-3-29 12:29
请问，假如我的对接口袋是一个长方体形状，而且是水平方向的长方体，在vmd中执行完source boxer.tcl set a ...

在vmd中生成的box形状是左图，在pymol中的box是右图中的方框中的区域，对接的口袋类似一条“沟”，对接的分子在里面伸展开来。假如能把vmd中的box顺时针旋转一定的角度，使之能和“沟”相匹配，后期的对接效果应该能不错。如果单纯把box大小扩大，使之能够将“沟”给包围起来，感觉box的改变就太大了，不太好。怎样才能解决这个问题？

许青良 · 发表于 2017-3-29 21:16:53

eming 发表于 2017-3-29 20:53
跟据ledock开发者赵博士建议，你可以先把蛋白旋转到一定的角度后（整个坐标都要变换），再确定盒子 ...

怎么将蛋白进行旋转

？

eming · 发表于 2017-5-22 10:48:21

许青良发表于 2017-3-29 21:16
怎么将蛋白进行旋转？

新版lepro具有该功能

1026966355 · 发表于 2017-7-11 19:51:17

Generate a box from selection
your selection is atomselect0
need three numbers for a vectorl老出现这么一段话，请问是哪里出了问题

ZRAN2109 · 发表于 2017-10-2 14:31:30

楼主请教下，Ledock Box的按钮是怎么加进去的呢，如果没有这个按钮，还能自动输出ledock的参数吗，谢谢

panacea008 · 发表于 2021-9-27 08:20:15

fireflying 发表于 2014-10-28 00:21
好像pymol在mac osx上不支持插件。有解决办法，网上找一下吧

大佬，win7上pymol2.3怎么安装插件知道吗

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