ledock盒子的确定

eming

Ledock是论坛fireflying博士期间写的一个分子对接软件，其对接准确性高于Autodock Vina. 其中lepro程序提供受体的准备，包括加氢，输出文件仅含坐标。以1BMA为例。
1. 抽取受体。
    直接运行 lepro 1bma.pdb
    结果可以发现，lepro可以自动去除杂原子，并加氢，残基的名字也改为charmm的命名方式。Arg226在晶体结构中构象不确定，lepro自动保存第一个；

2. 对接的盒子
   lepro还产生一个dock.in的对接配置文件：

1. Receptor
   
2. pro.pdb
   
3. 
   
4. RMSD
   
5. 1.0
   
6. 
   
7. Binding pocket
   
8. xmin xmax
   
9. ymin ymax
   
10. zmin zmax
    
11. 
    
12. Number of binding poses
    
13. 20
    
14. 
    
15. Ligands list
    
16. ligands
    
17. 
    
18. END

复制代码

其中Binding pocket将是确定对接位置的关键信息，其定义方式与普通软件不同的是，一般软件以立方体中心和三边长定义，这里以立方体的一个最小顶点，分别从xyz三个方向延伸，定义xyz三个方向的最大顶点值。这里借助vmd,我们可以确定盒子的大概位置.
需借助一个小的脚本文件boxer.tcl

1. proc boxer {args} {
   
2.   set nargs [llength $args]
   
3.   puts $nargs
   
4.   if { $nargs == 1 } {
   
5.         puts "Generate a box from selection"
   
6.         set sel [lindex $args 0]
   
7.         puts "your selection is $sel"
   
8.         
   
9.         # get the min and max values for each of the directions
   
10.         set coords [lsort -real [$sel get x]]
    
11.         set minx [lindex $coords 0]
    
12.         set maxx [lindex [lsort -real -decreasing $coords] 0]
    
13. 
    
14.         set coords [lsort -real [$sel get y]]
    
15.         set miny [lindex $coords 0]
    
16.         set maxy [lindex [lsort -real -decreasing $coords] 0]
    
17. 
    
18.         set coords [lsort -real [$sel get z]]
    
19.         set minz [lindex $coords 0]
    
20.         set maxz [lindex [lsort -real -decreasing $coords] 0]
    
21.         
    
22.     } elseif  {$nargs == 6} {
    
23.         set minx [lindex $args 0]
    
24.         set maxx [lindex $args 1]
    
25.         set miny [lindex $args 2]
    
26.         set maxy [lindex $args 3]
    
27.         set minz [lindex $args 4]
    
28.         set maxz [lindex $args 5]
    
29.       
    
30.     } else {
    
31.         puts "I'm sure your input has some problem, and you will have some errors like:"
    
32.     }
    
33. 
    
34.    # and draw the lines
    
35.    draw materials off
    
36.    # line in x direction
    
37.    draw color red
    
38.    draw line "$minx $maxy $minz" "$maxx $maxy $minz"
    
39.    draw line "$minx $miny $maxz" "$maxx $miny $maxz"
    
40.    draw line "$maxx $maxy $maxz" "$minx $maxy $maxz"
    
41.    draw line "$minx $miny $minz" "$maxx $miny $minz"
    
42.    # line in y direction
    
43.    draw color green
    
44.    draw line "$maxx $miny $minz" "$maxx $maxy $minz"
    
45.    draw line "$minx $miny $maxz" "$minx $maxy $maxz"
    
46.    draw line "$maxx $maxy $maxz" "$maxx $miny $maxz"
    
47.    draw line "$minx $miny $minz" "$minx $maxy $minz"
    
48.    # line in z direction
    
49.    draw color blue
    
50.    draw line "$maxx $miny $minz" "$maxx $miny $maxz"
    
51.    draw line "$minx $maxy $minz" "$minx $maxy $maxz"
    
52.    draw line "$maxx $maxy $maxz" "$maxx $maxy $minz"
    
53.    draw line "$minx $miny $minz" "$minx $miny $maxz"
    
54.    # print result
    
55.    puts  "xmin and xmax: [format %7.2f%7.2f $minx $maxx]"
    
56.    puts  "ymin and ymax: [format %7.2f%7.2f $miny $maxy]"
    
57.    puts  "zmin and zmax: [format %7.2f%7.2f $minz $maxz]"
    
58.   
    
59. }

复制代码

脚本提供两个方法定义顶点，一是根据选择的原子的坐标来定义，原子可以选择某些残基，或者配体周围，二是自定义顶点的位置，例如，我们以晶体中配体极其周围4埃范围内的残基，包括水，离子等，来定义盒子，打开tk console

1. source boxer.tcl
   
2. set  active_site [atomselect top "same residue as within 4 of resname 0QH"]
   
3. boxer $active_site
   

复制代码

得到box的信息

1. xmin and xmax:   27.56  48.12
   
2. ymin and ymax:   13.63  31.20
   
3. zmin and zmax:   28.04  48.87

复制代码

boxer

另外也可以自己定义xmin xmax ymin ymax zmin zmax来输入，看盒子是否合适，并且进行调整

1. draw delete all
   
2. boxer 28 50 13 30 28 50

复制代码

这六个数值根据自己定义，来看盒子是否在自己所需要的位置

3.利用pymol的autodock插件定义盒子
　　这里，我们对autodock插件进行了稍微处理，尽管加了一个Ledock Box的按钮，但其实，跟show box是一样的功能。只要在调整参数的时候，就会自动输出ledock的参数,由于操作比较简单，这里不做详细阐述，只要安装这个插件即可

pymol_ledock.box

rosetta

dengzho5068 发表于 2014-10-25 10:09
我想问一下怎么样在mac osx上实现pymol的插件功能，我的系统是osx x，pymol版本是1.2r1 ...

X11 Hybrid

MacPyMOL comes with a native OSX interface which doesn't require X11 (XQuartz). However, some features, like the Plugin menu, are only available in the X11 interface of PyMOL. There are two ways to launch the X11 interface:
rename /Applications/MacPyMOL.app to /Applications/MacPyMOLX11Hybrid.app
launch the unix executable with the -m flag: /Applications/MacPyMOL.app/Contents/MacOS/MacPyMOL -m

许青良

许青良 发表于 2017-3-29 12:29
请问，假如我的对接口袋是一个长方体形状，而且是水平方向的长方体，在vmd中执行完source boxer.tcl set  a ...

在vmd中生成的box形状是左图，在pymol中的box是右图中的方框中的区域，对接的口袋类似一条“沟”，对接的分子在里面伸展开来。假如能把vmd中的box顺时针旋转一定的角度，使之能和“沟”相匹配，后期的对接效果应该能不错。如果单纯把box大小扩大，使之能够将“沟”给包围起来，感觉box的改变就太大了，不太好。怎样才能解决这个问题？

许青良

请问，假如我的对接口袋是一个长方体形状，而且是水平方向的长方体，在vmd中执行完source boxer.tcl set  active_site [atomselect top "same residue as within 4 of resname 0QH"]以后出现的box是一个倾斜的box,请问能否对box进行旋转，使其能够和受体本身的口袋方向相一致。

fireflying

呵呵，飞天出手果真不一样！刚动手试了一下，挺好用的。

我还是第一次知道可以用VMD来显示一个box，然后来设置结合位点。以前都是用autodock的adt软件设置结合口袋，不是特别方便，而且adt的图形化效果比VMD要差很多。估计这个脚本修改一下也可以用来设置Autodock或者vina的口袋吧。

要是输出结果小数点只保留一位就好了，那么多数字看得眼花啊。

逍遥的猫科动物

学习了，谢谢分享

dengzho5068

我想问一下怎么样在mac osx上实现pymol的插件功能，我的系统是osx x，pymol版本是1.2r1

fireflying

dengzho5068 发表于 2014-10-25 10:09
我想问一下怎么样在mac osx上实现pymol的插件功能，我的系统是osx x，pymol版本是1.2r1 ...

好像pymol在mac osx上不支持插件。有解决办法，网上找一下吧

zhangh338

跟师兄学习了，谢谢~

米小梦

你好，我在lephar research官网上面下载不了，能不能提供下载软件包？

rosetta

谢谢分享！

xufund

安装了基于pymol的插件后，调整盒子大小就报错。怎么回事？请教解决办法