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[其他] 蛋白-蛋白复合物跑动力学,如何固定其位置?

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发表于 2014-7-10 15:26:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本人先用ZDOCK做了蛋白-蛋白的分子对接实验,然后想将其复合物用gromacs跑分子动力学。思路是将二者合成一个蛋白,序号等也改正好了。但是刚跑优化这步时,两蛋白就分开了。因此想请教各位大侠们,用什么办法可以将两蛋白的位置固定,然后跑动力学呢?
发表于 2014-7-10 22:06:39 | 显示全部楼层
用Position restraint 可以吗?http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... me/02_topology.html 在这个教程里面有介绍的。
 楼主| 发表于 2014-7-11 13:16:52 | 显示全部楼层
发表于 2014-7-11 20:13:55 | 显示全部楼层
/rose水水 发表于 2014-7-11 13:16
好像不行啊。还是分开。

你将两个蛋白都做 genrestr吗?  
发表于 2014-7-11 20:16:30 | 显示全部楼层
本帖最后由 whl2dxl 于 2014-7-11 20:18 编辑

再有 gromacs里面有个 freeze 不知道是否适合的你体系。 对于几种限制(restraint, constraint and freeze ) sobereva在他的博客里做了一些介绍,希望对你有用。http://hi.baidu.com/sobereva/blog/item/27ecdb6e603323dd80cb4a5c.html
发表于 2014-7-12 12:29:35 | 显示全部楼层
请问你是在进行哪一步的时候,分开了啊??
 楼主| 发表于 2014-7-14 13:50:14 | 显示全部楼层
zhangmao511 发表于 2014-7-12 12:29
请问你是在进行哪一步的时候,分开了啊??

grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
mdrun -v -deffnm em

优化这步跑开的。
发表于 2014-7-14 21:06:35 | 显示全部楼层
能量最小化之后,就分开了??我也在做和你一样的体系,也是用ZDOCK对接的,不过还没开始跑MD,在找结合位点在。。。
楼上的建议,你可有试过吗??
 楼主| 发表于 2014-7-16 10:15:07 | 显示全部楼层
zhangmao511 发表于 2014-7-14 21:06
能量最小化之后,就分开了??我也在做和你一样的体系,也是用ZDOCK对接的,不过还没开始跑MD,在找结合位 ...

试过,貌似不管用。
发表于 2014-8-14 10:47:29 | 显示全部楼层
“思路是将二者合成一个蛋白”??我也是ZDOCK对接的,但是2个蛋白我是用A,B链分开的。。你用ZDOCK对接选的是model1吗??
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