生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 7300|回复: 7

[Gromacs] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题??

[复制链接]
发表于 2014-6-9 11:52:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
Gromacs在周期性边界条件设定那一步,需要设定水盒子的形状,-bt参数设定,可以设定立方体,八面体,十二面体。我想请教一下,选择这几个形状有什么讲究吗??或者说,选哪一个形状更好些,对于后面的模拟来说,更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢!!

因为我在看NMR上面的例子有说,选择rhombic dodecahedron,因为其对应最优堆积空间,因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
发表于 2014-6-9 22:47:13 | 显示全部楼层
没有特别要求,选择12面体就行,这是所有体系在其他情况相同时,总原子数最少的,可以加速你的模拟进程~哈哈
发表于 2014-6-10 08:54:21 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2014-6-11 09:11:16 | 显示全部楼层
可是我的蛋白分子是一个类似β桶状结构,十二面体的话是一个球状结构,是否应该是蛋白分子中的每个原子到水盒子边界较远比较好啊??
发表于 2014-6-11 11:42:20 | 显示全部楼层
十二面体不一定是正十二面体,也就是说各个边不必都等长,系统能够根据你的蛋白质形状,做出一个长条型的十二面体。也就是说,像雕像一样,把不必要的部分尽量除去,保留必要的部分,以减少系统原子数目,节约计算资源
发表于 2014-6-15 10:21:50 | 显示全部楼层
我个人是用长方体。不过如阿里巴巴版主所说,12面体的计算量最小。
发表于 2014-6-15 10:24:06 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-6-15 10:21
我个人是用长方体。不过如阿里巴巴版主所说,12面体的计算量最小。

实际中我也最常用长方体
 楼主| 发表于 2014-7-1 15:34:40 | 显示全部楼层
长方体是不是就是,用 -bt triclinic 这个就OK了??
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-12-26 02:16 , Processed in 0.049755 second(s), 19 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表