蛋白分子在运动过程中构想会发生变化吗？

zhangmao511 · 发表于 2014-6-6 17:29:37

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本帖最后由 zhangmao511 于 2014-6-6 17:31 编辑

蛋白分子在运动过程中构想会发生变化吗？就是比如，一个蛋白分子在运动过程中，随着时间的变化，某一段β折叠会变成LOOP吗？
因为我在用Gromacs模拟的时候发现，最初始输入的PDB文件在展示工具（比如VMD）中显示的图像，和模拟之后GRO文件在展示工具（比如VMD）中显示的图像，有些不一样。
想知道是什么原因？？

墨竹晓风 · 发表于 2014-6-15 10:23:36

理论上是会的，但是要模拟时间足够长，或者拉伸动力学

枫叶苏 · 发表于 2014-8-12 20:00:58

会的，折叠的形成是和残基间形成氢键的个数有着紧密的关系，像有些短的折叠，由于运动过程中两个残疾的距离变远，导致原本的氢键断裂而无法形成氢键，这就会使折叠变成Loop。

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