关于gromacs的几个问题

小丸子

1. 请问在用grompp生成tpr文件时，需要提供哪些文件呀？.gro和.top还有.itp是必要的还是optional的额？
2. 我用matlab编程生成了pdb文件，但是用pdb2gmx将pdb文件生成top文件时，有错误提示为： residue ‘BAK’ not found in rsidue topology database.请问我该怎么解决这个问题额？
3. 另外，这个topology database是什么额？需要我自己提供还是是gromacs自带的像库一样的东西？

Babyblue

我也按你的问题来回答吧：
（1）grompp生成tpr文件所需文件为PDB文件或者是gro文件+top文件的任何组合，top文件是必须的里面储存模拟体系的参数信息（如立场、键角等），itp文件和top是差不多的，大概讲来top文件大于或包含itp文件，2者可以转换，此外itp文件还可以储存限制信息，GMX跑MD必需文件是tpr文件，简单来说：tpr=gro（pdb）+top
（2）关于PDB文件的生成，方法很多，最常用的是在蛋白质数据库里面下载（生物体系），如果是自己建立的模拟体系，比如说DNA、RNA、碳纳米管等等，这时候GMX自带的拓扑参数库可能没有，也就出现你这类似的错误，比如BAK不识别，要想识别，必需额外自己做出来BAK的参数库。大致可以有2种方法来处理，一个就是用PRODRG来处理，可以得到GMX参数；另外可以参考amber处理小分子的办法（amber文件，GMX参数化），最终重载实现。
（3）第三个问题我在第二个里面已给出解释，外源性的东西实现起来都需要摸索一段时间。
希望对你有所帮助~~~~