GROMACS 拉伸分子动力学结果分析

jianchen7882 · 发表于 2014-5-24 19:17:20

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按照http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... umbrella/index.html 网站教程，进行了简单的拉伸分子动力学模拟，然后结果分析只进行了PMF分析，请问各位大神，还可以进行其他哪些分析，比较，氢键，能量之类的，或者提供一个教程，谢谢！！！！！

jianchen7882 · 发表于 2014-5-26 09:13:28

求指教啊，谢谢！！！

墨竹晓风 · 发表于 2014-5-27 11:38:02

氢键使用g_hbond
计算能量可能比较麻烦，看看http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... e_energy/index.html

jianchen7882 · 发表于 2014-5-29 11:27:59

墨竹晓风发表于 2014-5-27 11:38

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氢键使用g_hbond
计算能量可能比较麻烦，看看http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/g ...

谢谢，我看看

jianchen7882 · 发表于 2014-5-29 14:56:11

墨竹晓风发表于 2014-5-27 11:38

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氢键使用g_hbond
计算能量可能比较麻烦，看看http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/g ...

g_hbond分析时，我得到了一个受体和配体随时间变化的氢键数量图，能不能更精确点，得到随时间变化的氨基酸和配体对应的氢键数量图啊，谢谢！！！

jianchen7882 · 发表于 2014-5-29 15:09:58

墨竹晓风发表于 2014-5-27 11:38

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氢键使用g_hbond
计算能量可能比较麻烦，看看http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/g ...

你好，我使用g_hbond工具只输出了受体和配体随时间的氢键数量图，具体的命令是 g_hbond -f traj.xtc -s pull.tpr -ac hbac.xvy
请问能不能得到氨基酸和配体形成的氢键数量图，或者具体氨基酸形成氢键时间长短图啊，谢谢

墨竹晓风 · 发表于 2014-5-29 22:19:06

jianchen7882 发表于 2014-5-29 15:09

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你好，我使用g_hbond工具只输出了受体和配体随时间的氢键数量图，具体的命令是 g_hbond -f traj.xtc -s ...

请阿里巴巴版主来解答下细节。谢谢

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-5-30 09:00:54

氢键的分析按照正常的MD分析时的即可啊~g_hbond不是？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-5-30 09:02:10

jianchen7882 发表于 2014-5-29 15:09

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你好，我使用g_hbond工具只输出了受体和配体随时间的氢键数量图，具体的命令是 g_hbond -f traj.xtc -s ...

不能直接得到，你可以把你关注的残基单独定义为一个group，然后考察这个group和配体所形成的氢键

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-5-30 09:02:12

jianchen7882 发表于 2014-5-29 15:09

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你好，我使用g_hbond工具只输出了受体和配体随时间的氢键数量图，具体的命令是 g_hbond -f traj.xtc -s ...

不能直接得到，你可以把你关注的残基单独定义为一个group，然后考察这个group和配体所形成的氢键

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