AutoDock教学视频

游子8921

川大-灰太狼 发表于 2012-11-10 23:41

                               
登录/注册后可看大图

首先，你删除链的做法是有问题的，必须保留活性中心周围的氨基酸残基（一般是以配体为中心，周围6埃以内 ...

再请教蔡兄，我查了下ｅｐｄｂ，只是说了起什么作用，但是用法没有说，在ｂａｓｈ里输入ｅｐｄｂ　＋文件名，但说没有这个命令，请问这个命令怎么用啊，在安装文件里找到一个ｅｐｄｂｐａｒｓｅｒ.ｐｙ文件，ＡＤＴ的ｈｅｌｐ里也没有查到，使用ｌｉｎｕｘ版的ＡＤＴ才能用吗？谢谢
-这是在官网找到的：The "epdb" command now uses calculateBindingEnergies so that if
    AD4.1_Bound.dat is used, the internal energy of the unbound state can
    be set to that of the docked state.  * Also, added a check to see if
    the number of values specified by the "dihe0" command matches the
    number of torsions found in the ligand PDBQT (ntor), and prints a
    warning if they do not match.

川大-灰太狼

游子8921 发表于 2012-11-12 23:16

                               
登录/注册后可看大图

再请教蔡兄，我查了下ｅｐｄｂ，只是说了起什么作用，但是用法没有说，在ｂａｓｈ里输入ｅｐｄｂ　＋文件 ...

用法就是当命令用，具体的可以参考http://web.njit.edu/all_topics/P ... .1a.0UserGuide.html
你先确定第一个问题你是否能得到较低的能量，之后你再自己解决这个问题。

游子8921

川大-灰太狼 发表于 2012-11-13 09:20

                               
登录/注册后可看大图

用法就是当命令用，具体的可以参考http://web.njit.edu/all_topics/Prog_Lang_Docs/html/autodock/AD3.1a ...

好的，谢谢蔡兄

tanxijuan

好资源，谢谢分享

yaolab2012

川大-灰太狼 发表于 2012-11-9 20:40

                               
登录/注册后可看大图

AutoDock其实不太适合做多肽的对接！因为电荷是小分子的电荷。我不知道你的配体是否是晶体结构里面的构象？ ...

向群主求一下AUTOdock的视频  在线播放太卡了   谢谢了 qiuzuocheng2012@163.com

Milestone

好资源，学到很多东西！谢谢1

fdfdsos

向群主求一下AUTOdock的视频  在线播放好像没法看了。谢谢了, fdfdsos@163.com

川大-灰太狼

fdfdsos 发表于 2013-7-20 19:30

                               
登录/注册后可看大图

向群主求一下AUTOdock的视频  在线播放好像没法看了。谢谢了,

在线播放可以看，只是估计你们学校屏蔽了优酷这样的视频网站！这样吧，我更新一下帖子，给一个迅雷下载链接。

ottolzm

不知道有没有人发过 我画蛇添足一下 http://v.youku.com/v_show/id_XNDU0MjUyMjAw.html 这是youku地址 免费注册youku用户即可下载

claude

为什么看不到啊