AutoDock教学视频

川大-灰太狼

AutoDock学习视频，时长1小时15分钟，有了解的朋友可以拖着看！

王振洲

jjw1017 发表于 2016-3-15 09:11
大神，关于autodock有问题想请教一下，就是打开文件时的默认路径如何设置

把 adt 文件放入想设置的默认路径中打开 这样 默认路径 就是adt所在的文件夹

jjw1017

王振洲 发表于 2016-5-3 08:54
把 adt 文件放入想设置的默认路径中打开 这样 默认路径 就是adt所在的文件夹 ...

好的，谢谢。我现在是在偏好里面设置的

jjw1017

王振洲 发表于 2016-5-3 08:54
把 adt 文件放入想设置的默认路径中打开 这样 默认路径 就是adt所在的文件夹 ...

好的，谢谢。

北京-构效

这个不能下载吗

川大-灰太狼

北京-构效 发表于 2012-11-1 09:40

                               
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这个不能下载吗

可以下载：）只是没有做下载链接

浙农林—老张

找个优酷视频的探测器，可以下。

川大-灰太狼

呵呵 不用探测器，我是为了让大家观看方便，所以上传优酷的！如果需要视频下载，请联系我！

永在追赶

您好，麻烦问下，能否将那个AutoDock教学视频发给我学习下可以吗。
这边网速不怎么样。看的过程中，经常卡。
谢谢您了。

游子8921

请教蔡兄，我按照这个视频又做了三遍刚性对接，但是得到的结合能是-1.67，-1.63，-1.43基本一致，也就是说我的操作没有问题吧，但是不在合理的结合能范围内啊。运行autodock，依然报错说是配体电荷不为整数，这影响结果吗？google，百度没有找到解决办法，请问这该如何解决呢啊？谢谢

川大-灰太狼

AutoDock其实不太适合做多肽的对接！因为电荷是小分子的电荷。我不知道你的配体是否是晶体结构里面的构象？如果是的话，你就直接用epdb 命令得到结合自由能，可以参考AutodDock的说明书。

游子8921

川大-灰太狼 发表于 2012-11-9 20:40

                               
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AutoDock其实不太适合做多肽的对接！因为电荷是小分子的电荷。我不知道你的配体是否是晶体结构里面的构象？ ...

蔡兄，这个对接就是前几天给你看的底物和酶的，我将底物取出来了，将酶的A结构域取出，其余删掉，是不是这不出错了，不应该只取A部分，因为活性中心在A与B交界处，但是我看了下，底物主要还是在A里，所以我认为B处只是起到疏水作用，氢键结合的地方还是在A处（这点我不知道是不是理解错了）。我按照蔡兄的指导查了epdb，文中提到：‘epdb  filename’: optional calculate the energy of the molecule in
filename in the context of the specified maps.  Previously this feature
was only accessible via the command-mode of AutoDock 3.  The
command-mode is no longer supported in AutoDock 4. 这说AutoDock 4不能用这个命令了吧，难道用于ADTlinux版的，我的是ADTwin版，autodock在linux运行。我在参数文件里也没有找到epdb这个关键词，请问蔡兄这个epdb是不是不用了？谢谢

川大-灰太狼

游子8921 发表于 2012-11-10 16:33

                               
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蔡兄，这个对接就是前几天给你看的底物和酶的，我将底物取出来了，将酶的A结构域取出，其余删掉，是不是 ...

首先，你删除链的做法是有问题的，必须保留活性中心周围的氨基酸残基（一般是以配体为中心，周围6埃以内的氨基酸残基）。从你的蛋白来看，我想这才是你打分低的主要原因。

其次，epdb 命令在AutoDock Version4.2 的说明书中都是存在且可用的。我不知道你看到的内容来源于何处？
以下是AutoDock Version4.2的epdb命令说明：
“Parameter for calculating energy of a ligandepdb
This keyword will report the energy of the ligand included in the “move” record. This command
may be used to calculate the energy of a particular ligand conformation without performing a
docking calculation.”