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[AutoDock&Vina] AutoDock教学视频

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发表于 2012-11-1 09:33:27 | 显示全部楼层 |阅读模式

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AutoDock学习视频,时长1小时15分钟,有了解的朋友可以拖着看!
http://player.youku.com/player.php/sid/XNDU0MjUyMjAw/v.swf

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发表于 2016-5-3 08:54:22 | 显示全部楼层
jjw1017 发表于 2016-3-15 09:11
大神,关于autodock有问题想请教一下,就是打开文件时的默认路径如何设置

把 adt 文件放入想设置的默认路径中打开 这样 默认路径 就是adt所在的文件夹
发表于 2016-5-10 11:08:52 | 显示全部楼层
王振洲 发表于 2016-5-3 08:54
把 adt 文件放入想设置的默认路径中打开 这样 默认路径 就是adt所在的文件夹 ...

好的,谢谢。我现在是在偏好里面设置的
发表于 2016-5-10 11:08:11 | 显示全部楼层
王振洲 发表于 2016-5-3 08:54
把 adt 文件放入想设置的默认路径中打开 这样 默认路径 就是adt所在的文件夹 ...

好的,谢谢。
发表于 2012-11-1 09:40:02 | 显示全部楼层
这个不能下载吗
 楼主| 发表于 2012-11-1 09:45:28 | 显示全部楼层
发表于 2012-11-1 10:15:12 | 显示全部楼层
找个优酷视频的探测器,可以下。

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 楼主| 发表于 2012-11-1 10:59:13 | 显示全部楼层
呵呵 不用探测器,我是为了让大家观看方便,所以上传优酷的!如果需要视频下载,请联系我!
发表于 2012-11-1 11:14:19 | 显示全部楼层
能够下载 安装优酷客户端 在里面搜索 下载 就成功了

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发表于 2012-11-2 09:00:32 | 显示全部楼层
您好,麻烦问下,能否将那个AutoDock教学视频发给我学习下可以吗。
这边网速不怎么样。看的过程中,经常卡。
谢谢您了。
发表于 2012-11-9 16:20:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 游子8921 于 2012-11-9 16:22 编辑

请教蔡兄,我按照这个视频又做了三遍刚性对接,但是得到的结合能是-1.67,-1.63,-1.43基本一致,也就是说我的操作没有问题吧,但是不在合理的结合能范围内啊。运行autodock,依然报错说是配体电荷不为整数,这影响结果吗?google,百度没有找到解决办法,请问这该如何解决呢啊?谢谢
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 楼主| 发表于 2012-11-9 20:40:08 | 显示全部楼层
AutoDock其实不太适合做多肽的对接!因为电荷是小分子的电荷。我不知道你的配体是否是晶体结构里面的构象?如果是的话,你就直接用epdb 命令得到结合自由能,可以参考AutodDock的说明书。
发表于 2012-11-10 16:33:32 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2012-11-9 20:40
AutoDock其实不太适合做多肽的对接!因为电荷是小分子的电荷。我不知道你的配体是否是晶体结构里面的构象? ...

蔡兄,这个对接就是前几天给你看的底物和酶的,我将底物取出来了,将酶的A结构域取出,其余删掉,是不是这不出错了,不应该只取A部分,因为活性中心在A与B交界处,但是我看了下,底物主要还是在A里,所以我认为B处只是起到疏水作用,氢键结合的地方还是在A处(这点我不知道是不是理解错了)。我按照蔡兄的指导查了epdb,文中提到:‘epdb  filename’: optional calculate the energy of the molecule in
filename in the context of the specified maps.  Previously this feature
was only accessible via the command-mode of AutoDock 3.  The
command-mode is no longer supported in AutoDock 4. 这说AutoDock 4不能用这个命令了吧,难道用于ADTlinux版的,我的是ADTwin版,autodock在linux运行。我在参数文件里也没有找到epdb这个关键词,请问蔡兄这个epdb是不是不用了?谢谢
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