做拉伸分子动力学模拟时盒子设置问题

开心果 · 发表于 2014-5-22 15:08:46

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大家好问一下做拉伸时盒子大小怎样设置呢有没有什么软件可以测得选定原子的坐标呢

开心果 · 发表于 2014-5-27 14:05:54

qian430 发表于 2014-5-24 09:48

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您用啥软件做的拉伸

呵呵忘了说用gromacs

开心果 · 发表于 2014-7-7 09:36:24

qian430 发表于 2014-5-24 09:48

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您用啥软件做的拉伸

您好在吗想问一下您用gromacs做拉伸吗
我现在拉伸方向的时遇到了问题我是用向量方法即两个点的坐标之差来确定方向的但是我不知道用最后平衡后的npt.gro文件中的坐标呢还是加完水和离子之后的solv_ions。gro的坐标急求呀谢谢啊

开心果 · 发表于 2014-8-1 11:53:19

qian430 发表于 2014-7-26 18:44

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没摸过这个软件呀，sorry

哦谢谢哦

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[Gromacs] 做拉伸分子动力学模拟时盒子设置问题