prodrg2生成的HDB拓扑文件中没有碳原子的氢原子，怎么办？

zhangmao511 · 发表于 2014-5-19 18:19:15

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我用prodrg2生成出我的小分子（只含有C,H,N,O）拓扑文件。但是， prodrg2生成的HDB拓扑文件中，只有生成了非碳原子上的氢原子信息。那我碳原子上的氢原子信息怎么办啊？？求助，感谢！！！

海洋 · 发表于 2014-5-19 20:41:02

作为非极性H忽略了，这个可以不用管了啊

临江仙 · 发表于 2014-5-20 08:59:51

同意楼上解说，哈哈

zhangmao511 · 发表于 2014-5-20 10:35:14

我用的是oplsaa力场，这个力场下的加氢文件aminoacids.hdb貌似包含了氨基酸的所有氢原子
LYS 7
1 1 H N -C CA
1 5 HA CA N C CB
2 6 HB CB CG CA
2 6 HG CG CD CB
2 6 HD CD CE CG
2 6 HE CE NZ CD
2 4 HZ NZ CE CD

我现在用prodrg2生成出的HDB文件没有非极性H参数，就不用管了吗？直接将prodrg2生成出的HDB文件内容追加到上面内容的后面就可以了吗？？
因为我是想添加一个新的氨基酸，用prodrg2生成拓扑文件，但是发现生成出来的和力场的对应的文件差别好大啊？？所以就不懂了。。

zhangmao511 · 发表于 2014-5-20 21:44:03

其实，我很想知道prodrg2是不是不适用于OLPSAA全原子立场啊？？？？

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