Amber11+AmberTools1.5在RHEL5.4 & CentOS5.5中的安装【原创】

江大-大牙兔

              1、RHEL5.4 x86_64/CentOS 5.5 i386(RHEL5.4为实体机安装, CentOS 5.5为虚拟机安装，VMware Workstation 7.0.1 build-227600)

       2、硬件系统：Dell T7500 Workstation （2X Xeon X5650／24G DDR3／1TB SATA／1GB Quadro2000）

       3、user：root; shell: bash; Amber11 installed to /home/phamlab/amber11

       4、Amber11软件需要购买获得使用license，AmberTools可以到http://www.ambermd.org 免费下载。

一、Intel编译器的安装

1、下载获得intel非商业版编译器（non-commercial），网址是：

http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/

目前最新版本是l_ccompxe_2011.10.319.tgz、l_fcompxe_2011.10.319.tgz，邮箱注册，获得两个许可文件NCOM_L_CMP_FOR_NR2M-NC769Z35.lic、NCOM_L_CMP_CPP_N5D5-XJVTHHH8.lic。

2、解压并安装

[code=Bash width=600px]cd /home/phamlab/intel_compiler

tar xvf l_ccompxe_2011.10.319.tgz

tar xvf l_fcompxe_2011.10.319.tgz

cd l_ fcompxe_2011.10.319

./install.sh

[/code]
       #激活产品选项时选择"Use a license file" (许可文件：NCOM_L_CMP_FOR_NR2M-NC769Z35.lic，需要输入完整路径)

#安装选项中不需要的部分如Intel Debugger等可以去掉，但里面intel MKL应保留。

#用相同的方法安装icc (l_ccompxe_2011.10.319, 许可文件NCOM_L_CMP_CPP_N5D5-XJVTHHH8.lic), 同样安装选项中只选择Intel C++ Compiler,

3、为intel设置环境变量

[code=Bash width=600px]vi /root/.bashrc
[/code]# 添加以下内容至文件中:

[code=Bash width=600px]source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 ## (CentOS 5.5 i386中安装时，使用ia32 替换intel64，其他步骤相同)

export MKL_HOME=/opt/intel/mkl

[/code]  
       # Esc, wq save and exit vi

# 使/root/.bashrc生效

  输入bash 或是重启shell 或是 resource /root/.bashrc

二、并行程序支持

去网站：http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下载得到mpich2-1.4.1p1.tar.gz

   [code=Bash width=600px]tar zxvf mpich2-1.4.1p1.tar.gz

cd mpich2-1.4.1p1

./configure FC=ifort CC=icc

make

make install

[/code]   

三、安装amber11串行版

    1、将amber和ambertools解压到同一个文件夹下：

  [code=Bash width=600px] cd /home/phamlab

tar jxvf amber11.tar.bz2

tar jxvf AmberTools-1.5.tar.bz2
[/code]

     #添加变量AMBERHOME

[code=Bash width=600px] vi /root/.bashrc

export AMBERHOME=/home/phamlab/amber11

source /root/.bashrc
[/code]

    2、下载amber和AmberTools的补丁包bugfix

       #到网站： http://ambermd.org/bugfixesat.html 下载获得AmberTools1.5 的补丁包 "bugfix.all", move it to /home/phamlab/amber11

[code=Bash width=600px] cd $AMBERHOME

patch -p0 -N < bugfix.all
[/code]

#到网站： http://ambermd.org/bugfixes11.html 下载得到Amber11的bugfix (bugfix.all.tar.bz2)和 apply_bugfix.x. 复制该两文件到amber11同级目录，切记不能放在amber11文件夹内。该例中是 /home/phamlab/ 下。

[code=Bash width=600px] ./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz2[/code]

    # 该处报错，经检查得知，apply_bugfix.x文件是在windows下处理所得，每一行的后面都增加了linux所不识别的换行符“^M”，需要去除掉。

[code=Bash width=600px] vi apply_bugfix.x -b

: %s/^M$//g

[/code]      ( % 指匹配整个文件，s 是置换的意思，^M 注意要用 Ctrl + V， Ctrl + M 来输入，M 后面的 $ 代表匹配行尾的内容，最后的 g 则表示每行中匹配到的内容都要置换。)

[code=Bash width=600px] ./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz2
[/code]
        3、安装ambertools

[code=Bash width=600px] cd amber11/AmberTools/src

./configure intel

make install

cd ../test

make test

[/code]
        4、安装amber11串行版

[code=Bash width=600px] cd $AMBERHOME

./AT15_Amber11.py

cd src

make serial

cd ../test

make test

[/code]
       #增加路径变量：

[code=Bash width=600px] vi /root/.bashrc

export PATH=$PATH:/home/amber11/bin :/home/phamlab/amber11/exe

source /root/.bashrc

[/code]

四、安装amber11的并行版

[code=Bash width=600px] cd ../AmberTools/src

make clean

./configure -mpi intel

make install

cd $AMBERHOME

./AT15_Amber11.py

cd src

make clean

make parallel

cd ../test/

#测试并行计算

export DO_PARALLEL="mpirun -np 2" （实体机是12 core，所以可以设置为mpirun –np 8）

make test.parallel

[/code]  

五、amber11应用于phamlab用户

[code=Bash width=600px] su

vi /home/phamlab/.bashrc

[/code]  添加：

[code=Bash width=600px]source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars.sh intel64

export AMBERHOME=/home/phamlab/amber11

export PATH=$PATH:/home/phamlab/amber11/bin:/home/phamlab/amber11/exe:/home/phamlab/amber11/AmberTools/exe

[/code] wq退出[code=Bash width=600px]source /home/phamlab/.bashrc
[/code]

川大-灰太狼

感谢大牙兔给我们带来如此完美的教程！向大牙兔学习。

jerrysky2011

很给力，非常感谢！~！