请教如何用Gromacs做蛋白分子翻译后修饰的模拟

zhangmao511 · 发表于 2014-5-8 23:24:17

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大家好！！小弟刚接触分子模拟不久，上周刚刚把标准氨基酸的蛋白分子模拟出来了。现在，老板想做有修饰的蛋白分子模拟。比如，我想做某个蛋白分子序列的第104位K上乙酰化或者琥珀酰化的模拟，想看一下该位置K上有乙酰化修饰和去乙酰化修饰对改蛋白分子的结构有什么样的变化？？所以，希望在此能请教一下各位大虾，如上面所说，有修饰的蛋白分子模拟的具体的操作步骤有哪些，如果可能的话希望能详细说明一下（小弟刚刚接触MD），十分感谢！！！！在这里感谢大家了。。。

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-5-11 19:24:29

非标准的氨基酸残基需要自己改写力场参数文件的，比较麻烦

Charleshen · 发表于 2014-5-16 12:43:53

呵呵我这里有乙酰化的Patch，很简单的你到网上搜也能找到

zhangmao511 · 发表于 2014-5-19 18:18:04

真的吗？？能发一下我吗？我的邮箱zhangmao511@sina.com
我就是在网上没搜到呢。。。
十分感谢

暗地纯白 · 发表于 2014-5-19 18:18:26

Charleshen 发表于 2014-5-16 12:43

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呵呵我这里有乙酰化的Patch，很简单的你到网上搜也能找到

有甲基化的吗？

zzlhzau · 发表于 2017-6-3 11:29:24

请问楼主现在解决了吗？真诚求教，zzlhzau@163.com

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