生物分子模拟论坛

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 1303|回复: 3

[提问] Charmm力场残基调不出来!!!

[复制链接]
发表于 2014-5-3 04:49:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
各位大侠,帮我看看我建的charmm力场残基哪里错了,怎么总调不出来啊。top文件看着结构正确,但是一到了生成.psf文件,总是看不到甲酰基了。这是为什么呀。
RESI FVA          0.00  ! ?????????????????
GROUP
ATOM H1   HA     0.0900 !
AOTM CN   C      0.4200  !   O1  H1
ATOM O1   O     -0.5100  !    \\ /
GROUP                           !     CN
ATOM N    NH1    -0.47   !      |     HG11 HG12
ATOM HN   H       0.31    !HN-N       \    /
ATOM CA   CT1     0.07   !      |        CG1--HG13
ATOM HA   HB      0.09   !      |        /
GROUP                          !HA-CA--CB-HB  
ATOM CB   CT1    -0.09   !       |       \     
ATOM HB   HA      0.09   !       |        CG2--HG21
GROUP                           ! O=C      /     \   
ATOM CG1  CT3    -0.27  !      |     HG21 HG22
ATOM HG11 HA      0.09
ATOM HG12 HA      0.09
ATOM HG13 HA      0.09
GROUP   
ATOM CG2  CT3    -0.27
ATOM HG21 HA      0.09
ATOM HG22 HA      0.09
ATOM HG23 HA      0.09
GROUP   
ATOM C    C       0.51
ATOM O    O      -0.51
BOND CN H1 CN N                                 !ADDED
BOND CB  CA    CG1 CB    CG2 CB    N   HN   
BOND N   CA     C   CA    C   +N    CA HA   
BOND CB  HB    CG1 HG11  CG1 HG12  CG1 HG13  CG2 HG21   
BOND CG2 HG22  CG2 HG23
DOUBLE O   C   
DOUBLE O1  CN                                    !ADDED
IMPR N CN CA HN C CA +N O                       !DEVISED   
IMPR CN H1 N  O1                                !ADDED
DONOR HN N   
ACCEPTOR O C
ACCEPTOR O1 CN                                  !ADDED
 楼主| 发表于 2014-5-3 04:54:40 | 显示全部楼层
拓扑文件:
CRYST1    1.000    1.000    1.000  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  C   FVA B   1      -3.601  -1.112   1.122  1.00  0.00           C
ATOM      2  N   FVA B   1      -2.790  -0.273   3.289  1.00  0.00           N
ATOM      8  O1  FVA B   1      -1.654  -1.703   4.599  1.00  0.00           O
ATOM      9  CN  FVA B   1      -1.848  -0.560   4.193  1.00  0.00           C
ATOM      3  O   FVA B   1      -4.079  -0.123   0.569  1.00  0.00           O
ATOM      4  CA  FVA B   1      -3.692  -1.240   2.656  1.00  0.00           C
ATOM      5  CB  FVA B   1      -5.139  -1.025   3.162  1.00  0.00           C
ATOM      6  CG1 FVA B   1      -6.098  -2.056   2.540  1.00  0.00           C
ATOM      7  CG2 FVA B   1      -5.228  -1.135   4.695  1.00  0.00           C
ATOM     10  N   GLY B   2      -3.016  -2.098   0.423  1.00  0.00           N
ATOM     11  CA  GLY B   2      -2.942  -2.115  -1.043  1.00  0.00           C
ATOM     12  C   GLY B   2      -1.745  -2.884  -1.626  1.00  0.00           C
ATOM     13  O   GLY B   2      -1.304  -3.888  -1.067  1.00  0.00           O
ATOM     14  N   ALA B   3      -1.246  -2.424  -2.783  1.00  0.00           N
ATOM     15  CA  ALA B   3      -0.164  -3.034  -3.560  1.00  0.00           C
ATOM     16  C   ALA B   3       1.183  -2.330  -3.306  1.00  0.00           C
ATOM     17  O   ALA B   3       1.354  -1.157  -3.641  1.00  0.00           O
ATOM     18  CB  ALA B   3      -0.548  -3.004  -5.046  1.00  0.00           C
ATOM     19  N   DLE B   4       2.144  -3.047  -2.711  1.00  0.00           N
ATOM     20  CA  DLE B   4       3.438  -2.522  -2.276  1.00  0.00           C
ATOM     21  CB  DLE B   4       4.478  -2.618  -3.416  1.00  0.00           C
ATOM     22  CG  DLE B   4       5.381  -1.374  -3.536  1.00  0.00           C
ATOM     23  CD1 DLE B   4       4.620  -0.203  -4.179  1.00  0.00           C
ATOM     24  CD2 DLE B   4       5.986  -0.945  -2.189  1.00  0.00           C
ATOM     25  C   DLE B   4       3.891  -3.263  -1.003  1.00  0.00           C
ATOM     26  O   DLE B   4       4.172  -4.459  -1.050  1.00  0.00           O
ATOM     27  N   ALA B   5       3.926  -2.564   0.136  1.00  0.00           N
ATOM     28  CA  ALA B   5       4.073  -3.132   1.476  1.00  0.00           C
ATOM     29  C   ALA B   5       2.865  -2.767   2.362  1.00  0.00           C
ATOM     30  O   ALA B   5       2.395  -1.632   2.333  1.00  0.00           O
ATOM     31  CB  ALA B   5       5.390  -2.644   2.091  1.00  0.00           C
ATOM     32  N   DVA B   6       2.375  -3.718   3.168  1.00  0.00           N
ATOM     33  CA  DVA B   6       1.274  -3.529   4.125  1.00  0.00           C
ATOM     34  CB  DVA B   6       1.856  -3.304   5.542  1.00  0.00           C
ATOM     35  CG1 DVA B   6       2.750  -2.051   5.591  1.00  0.00           C
ATOM     36  CG2 DVA B   6       0.763  -3.150   6.612  1.00  0.00           C
ATOM     37  C   DVA B   6       0.312  -4.734   4.067  1.00  0.00           C
ATOM     38  O   DVA B   6       0.758  -5.880   4.079  1.00  0.00           O
ATOM     39  N   VAL B   7      -1.003  -4.481   4.002  1.00  0.00           N
ATOM     40  CA  VAL B   7      -2.063  -5.494   3.885  1.00  0.00           C
ATOM     41  C   VAL B   7      -2.643  -5.475   2.454  1.00  0.00           C
ATOM     42  O   VAL B   7      -3.205  -4.465   2.035  1.00  0.00           O
ATOM     43  CB  VAL B   7      -3.161  -5.243   4.948  1.00  0.00           C
ATOM     44  CG1 VAL B   7      -4.120  -6.441   5.033  1.00  0.00           C
ATOM     45  CG2 VAL B   7      -2.585  -4.994   6.353  1.00  0.00           C
ATOM     46  N   DVA B   8      -2.512  -6.569   1.690  1.00  0.00           N
ATOM     47  CA  DVA B   8      -2.916  -6.643   0.276  1.00  0.00           C
ATOM     48  CB  DVA B   8      -4.346  -7.217   0.117  1.00  0.00           C
ATOM     49  CG1 DVA B   8      -5.407  -6.406   0.878  1.00  0.00           C
ATOM     50  CG2 DVA B   8      -4.762  -7.249  -1.366  1.00  0.00           C
ATOM     51  C   DVA B   8      -1.898  -7.471  -0.529  1.00  0.00           C
ATOM     52  O   DVA B   8      -1.895  -8.699  -0.443  1.00  0.00           O
ATOM     53  N   TRP B   9      -1.073  -6.811  -1.353  1.00  0.00           N
ATOM     54  CA  TRP B   9      -0.197  -7.450  -2.339  1.00  0.00           C
ATOM     55  C   TRP B   9       1.255  -6.938  -2.257  1.00  0.00           C
ATOM     56  O   TRP B   9       1.487  -5.756  -2.010  1.00  0.00           O
ATOM     57  CB  TRP B   9      -0.791  -7.242  -3.742  1.00  0.00           C
ATOM     58  CG  TRP B   9      -0.016  -7.880  -4.857  1.00  0.00           C
ATOM     59  CD1 TRP B   9      -0.148  -9.158  -5.279  1.00  0.00           C
ATOM     60  CD2 TRP B   9       1.064  -7.306  -5.652  1.00  0.00           C
ATOM     61  NE1 TRP B   9       0.751  -9.413  -6.296  1.00  0.00           N
ATOM     62  CE2 TRP B   9       1.534  -8.307  -6.560  1.00  0.00           C
ATOM     63  CE3 TRP B   9       1.715  -6.047  -5.683  1.00  0.00           C
ATOM     64  CZ2 TRP B   9       2.587  -8.067  -7.462  1.00  0.00           C
ATOM     65  CZ3 TRP B   9       2.769  -5.793  -6.588  1.00  0.00           C
ATOM     66  CH2 TRP B   9       3.205  -6.800  -7.476  1.00  0.00           C
ATOM     67  N   DLE B  10       2.229  -7.826  -2.504  1.00  0.00           N
ATOM     68  CA  DLE B  10       3.663  -7.527  -2.548  1.00  0.00           C
ATOM     69  CB  DLE B  10       4.281  -8.165  -3.809  1.00  0.00           C
ATOM     70  CG  DLE B  10       5.766  -7.815  -4.039  1.00  0.00           C
ATOM     71  CD1 DLE B  10       6.288  -8.599  -5.253  1.00  0.00           C
ATOM     72  CD2 DLE B  10       5.975  -6.312  -4.273  1.00  0.00           C
ATOM     73  C   DLE B  10       4.346  -8.006  -1.255  1.00  0.00           C
ATOM     74  O   DLE B  10       4.864  -9.122  -1.195  1.00  0.00           O
ATOM     75  N   TRP B  11       4.349  -7.156  -0.221  1.00  0.00           N
ATOM     76  CA  TRP B  11       5.026  -7.388   1.058  1.00  0.00           C
ATOM     77  C   TRP B  11       4.122  -7.105   2.273  1.00  0.00           C
ATOM     78  O   TRP B  11       3.146  -6.360   2.194  1.00  0.00           O
ATOM     79  CB  TRP B  11       6.314  -6.545   1.102  1.00  0.00           C
ATOM     80  CG  TRP B  11       7.316  -6.842   0.022  1.00  0.00           C
ATOM     81  CD1 TRP B  11       7.891  -8.046  -0.199  1.00  0.00           C
ATOM     82  CD2 TRP B  11       7.839  -5.957  -1.017  1.00  0.00           C
ATOM     83  NE1 TRP B  11       8.739  -7.977  -1.285  1.00  0.00           N
ATOM     84  CE2 TRP B  11       8.747  -6.710  -1.829  1.00  0.00           C
ATOM     85  CE3 TRP B  11       7.644  -4.596  -1.362  1.00  0.00           C
ATOM     86  CZ2 TRP B  11       9.430  -6.143  -2.921  1.00  0.00           C
ATOM     87  CZ3 TRP B  11       8.325  -4.015  -2.456  1.00  0.00           C
ATOM     88  CH2 TRP B  11       9.218  -4.785  -3.232  1.00  0.00           C
ATOM     89  N   DLE B  12       4.478  -7.699   3.418  1.00  0.00           N
ATOM     90  CA  DLE B  12       3.815  -7.517   4.710  1.00  0.00           C
ATOM     91  CB  DLE B  12       4.891  -7.387   5.807  1.00  0.00           C
ATOM     92  CG  DLE B  12       5.923  -6.264   5.555  1.00  0.00           C
ATOM     93  CD1 DLE B  12       5.269  -4.886   5.374  1.00  0.00           C
ATOM     94  CD2 DLE B  12       6.918  -6.212   6.724  1.00  0.00           C
ATOM     95  C   DLE B  12       2.823  -8.668   4.974  1.00  0.00           C
ATOM     96  O   DLE B  12       3.159  -9.643   5.646  1.00  0.00           O
ATOM     97  N   TRP B  13       1.599  -8.549   4.440  1.00  0.00           N
ATOM     98  CA  TRP B  13       0.484  -9.481   4.647  1.00  0.00           C
ATOM     99  C   TRP B  13      -0.432  -9.576   3.409  1.00  0.00           C
ATOM    100  O   TRP B  13      -0.697  -8.579   2.739  1.00  0.00           O
ATOM    101  CB  TRP B  13      -0.322  -9.048   5.887  1.00  0.00           C
ATOM    102  CG  TRP B  13       0.417  -9.111   7.194  1.00  0.00           C
ATOM    103  CD1 TRP B  13       0.522 -10.204   7.983  1.00  0.00           C
ATOM    104  CD2 TRP B  13       1.218  -8.075   7.843  1.00  0.00           C
ATOM    105  NE1 TRP B  13       1.316  -9.925   9.077  1.00  0.00           N
ATOM    106  CE2 TRP B  13       1.783  -8.628   9.036  1.00  0.00           C
ATOM    107  CE3 TRP B  13       1.543  -6.729   7.539  1.00  0.00           C
ATOM    108  CZ2 TRP B  13       2.623  -7.884   9.886  1.00  0.00           C
ATOM    109  CZ3 TRP B  13       2.386  -5.973   8.384  1.00  0.00           C
ATOM    110  CH2 TRP B  13       2.925  -6.548   9.554  1.00  0.00           C
ATOM    111  N   DLE B  14      -0.942 -10.785   3.132  1.00  0.00           N
ATOM    112  CA  DLE B  14      -1.907 -11.086   2.070  1.00  0.00           C
ATOM    113  CB  DLE B  14      -3.152 -11.759   2.684  1.00  0.00           C
ATOM    114  CG  DLE B  14      -3.880 -10.920   3.755  1.00  0.00           C
ATOM    115  CD1 DLE B  14      -4.374  -9.572   3.207  1.00  0.00           C
ATOM    116  CD2 DLE B  14      -5.074 -11.718   4.299  1.00  0.00           C
ATOM    117  C   DLE B  14      -1.270 -11.976   0.982  1.00  0.00           C
ATOM    118  O   DLE B  14      -1.190 -13.193   1.150  1.00  0.00           O
ATOM    119  N   TRP B  15      -0.840 -11.379  -0.139  1.00  0.00           N
ATOM    120  CA  TRP B  15      -0.378 -12.088  -1.342  1.00  0.00           C
ATOM    121  C   TRP B  15       0.834 -11.412  -2.020  1.00  0.00           C
ATOM    122  O   TRP B  15       1.325 -10.375  -1.577  1.00  0.00           O
ATOM    123  CB  TRP B  15      -1.569 -12.235  -2.311  1.00  0.00           C
ATOM    124  CG  TRP B  15      -2.763 -12.957  -1.751  1.00  0.00           C
ATOM    125  CD1 TRP B  15      -2.881 -14.299  -1.628  1.00  0.00           C
ATOM    126  CD2 TRP B  15      -3.969 -12.397  -1.148  1.00  0.00           C
ATOM    127  NE1 TRP B  15      -4.075 -14.616  -1.011  1.00  0.00           N
ATOM    128  CE2 TRP B  15      -4.783 -13.478  -0.683  1.00  0.00           C
ATOM    129  CE3 TRP B  15      -4.456 -11.083  -0.931  1.00  0.00           C
ATOM    130  CZ2 TRP B  15      -6.017 -13.269  -0.039  1.00  0.00           C
ATOM    131  CZ3 TRP B  15      -5.698 -10.861  -0.295  1.00  0.00           C
ATOM    132  CH2 TRP B  15      -6.475 -11.950   0.155  1.00  0.00           C
ATOM    133  CA  ETA B  16       2.416 -11.475  -3.919  1.00  0.00           C
ATOM    134  N   ETA B  16       1.320 -12.008  -3.116  1.00  0.00           N
ATOM    135  CB  ETA B  16       2.559 -12.262  -5.227  1.00  0.00           C
ATOM    136  O   ETA B  16       3.528 -11.647  -6.051  1.00  0.00           O
END
 楼主| 发表于 2014-5-3 10:19:52 | 显示全部楼层
只要帮我看看Charmm力场残基的甲酰胺部分(CN O1 H1)和我加了标注的地方有没有问题就可以啦,别的地方是从缬氨酸拷过来的,应该不会有问题的。谢谢啦!
 楼主| 发表于 2014-5-6 04:13:16 | 显示全部楼层
终于找到问题的所在了,各位看官请注意:top文件的第四行本来应该是“ATOM”,写成了“AOTM”;就这么小的一个错误,让我忙活了好几天。真是千里长堤,溃于蚁穴,教训深刻呀!!!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-1-18 14:08 , Processed in 0.248775 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表