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[AMBER] 蛋白与配体间氢键作用

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发表于 2014-3-31 21:55:28 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想问下,做分子对接后,蛋白与配体之间氢键有好几条,到模拟之后,氢键都消失了,体系中只剩下配体与水之间的氢键作用。求指导,看下怎么回事?
发表于 2014-4-1 10:34:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 墨竹晓风 于 2014-4-1 10:36 编辑

从理论来说,只是说明对接的结果不准确,更合理的情况是动力学得到的结果。当然,这是基于你的对接和动力学过程都正确的前提。
发表于 2014-4-2 11:27:45 | 显示全部楼层
做对接的时候,水分子不是要删除的吗?
发表于 2014-4-4 10:11:32 | 显示全部楼层
墨兄评论得非常到位:)分子对接是个技术活,不是胡乱对接就能得到结果的。也不仅仅是使用软件那么简单。
发表于 2014-4-6 04:34:00 | 显示全部楼层
小分子力场有问题么~~
发表于 2014-4-6 09:57:58 | 显示全部楼层
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