ANTECHAMBER 问题求助！

北京2013 · 发表于 2014-3-22 19:26:36

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在ANTECHAMBER TUTORIAL（http://www.cnblogs.com/yanzhi123/archive/2012/06/27/2564672.html）这个例子的教程中，当我运行SUS = loadmol2 sustiva.mol2 这个命令时出现了：
/usr/local/amber10/exe/tleap: line 8: 8157 Segmentation fault /usr/local/amber10/bin/teLeap -I/usr/local/amber10/dat/leap/prep -I/usr/local/amber10/dat/leap/lib -I/usr/local/amber10/dat/leap/parm -I/usr/local/amber10/dat/leap/cmd $*
运行check SUS这个命令时出现：
check: Argument #1 is type String must be of type: [unit molecule residue atom]
usage: check <unit> [parmset]
请问这是什么原因？本人是AMBER 的初学者，希望能得到各位高手的指点，谢谢！

niuyuzhen110 · 发表于 2014-3-22 19:50:59

你产生的参数文件要和你的pdb文件中的名字要对应

北京2013 · 发表于 2014-3-22 19:58:00

你好！是一致，所以才感觉应该没问题的，但是就是出错了，实在想不到是哪个地方有问题

zzzlll · 发表于 2014-3-24 10:13:11

文件没有读入，当然检查的时候会出错，
把mol2文件改成pdb之后再用loadpdb试试看

北京2013 · 发表于 2014-3-27 17:29:42

zzzlll 发表于 2014-3-24 10:13

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文件没有读入，当然检查的时候会出错，
把mol2文件改成pdb之后再用loadpdb试试看 ...

这样应该不行吧，我用antechamber建立小分子的内坐标文件mol2就是为了在tleap程序中加上小分子缺失的一些参数，直接loadpdb不可以实现这个目的吧

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