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[其他] 有关分子模拟采样点不均的问题

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发表于 2014-3-2 11:07:03 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我现在在做的是轮烷在DMSO中穿梭的一组实验。之前做轮烷在水中穿梭的采样点是比较均匀的,不超过两倍的差别。但是现在在DMSO中的采样点居然有几十倍的差不多,让我很费解。好像有采样点不均其结果也不是很可靠的说法。请教各位大侠能不能指点指点,怎么样才能使采样点均匀呢?
      下面是我的colvar文件设置内容:
colvarsTrajFrequency      5000  # output values every 5000 steps
colvarsRestartFrequency  2000000

colvar {
   name atomDistance
  
   width 0.1

   lowerboundary 12.0
   upperboundary 15.0

   outputSystemForce     yes  # report also the system force on this colvar
                            # (in addition to the current value)
   
   lowerwallconstant 40.0
   upperwallconstant 40.0
  
  distanceZ {
          axis ( 0.0, 0.0, 1.0)
        main {
                atomNumbers  { 81 85 99 97  }
         }
        ref  {
                atomNumbers  { 181 202 223 244 265 286 }
         }
     }
}

abf {
   colvars atomDistance
   fullSamples   2000
   hideJacobian   no
   applyBias yes
}
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