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我现在在做的是轮烷在DMSO中穿梭的一组实验。之前做轮烷在水中穿梭的采样点是比较均匀的,不超过两倍的差别。但是现在在DMSO中的采样点居然有几十倍的差不多,让我很费解。好像有采样点不均其结果也不是很可靠的说法。请教各位大侠能不能指点指点,怎么样才能使采样点均匀呢?
下面是我的colvar文件设置内容:
colvarsTrajFrequency 5000 # output values every 5000 steps
colvarsRestartFrequency 2000000
colvar {
name atomDistance
width 0.1
lowerboundary 12.0
upperboundary 15.0
outputSystemForce yes # report also the system force on this colvar
# (in addition to the current value)
lowerwallconstant 40.0
upperwallconstant 40.0
distanceZ {
axis ( 0.0, 0.0, 1.0)
main {
atomNumbers { 81 85 99 97 }
}
ref {
atomNumbers { 181 202 223 244 265 286 }
}
}
}
abf {
colvars atomDistance
fullSamples 2000
hideJacobian no
applyBias yes
}
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