AMBER11在ubuntu12.04下的安装（综合网上流行的教程，并亲测）

墨竹晓风

非完全原创，乃是来至于综合网上各种教程，并安装5，6台ubuntu经验所得
感谢所有AMBER前辈无私分享

1. sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev libbz2-dev

复制代码

1. 下面在soft文件夹中解压amber11和Tools。

1. tar xvfj Amber11.tar.bz2
   
2. tar xvfj AmberTools-1.5.tar.bz2

复制代码

openMPI安装

1. ./configure --prefix=/usr/local/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
   
2. make all
   
3. make install

复制代码

然后设置环境变量：打开ubuntu目录下的.bashrc文件，在最后面添加

1. export AMBERHOME=/home/ubuntu/soft/amber11    #注释：ubuntu改为你的用户名
   
2. export PATH=$PATH: /home/ubuntu/soft/amber11/exe
   
3. export MPI_HOME=/usr/local/openmpi  #注释：此处/usr是并行管理器的安装路径,以下三行用途一样
   
4. export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
   
5. export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib:$ LD_LIBRARY_PATH

复制代码

保存退出，source .bashrc使之生效。

2.        然后到http://ambermd.org/bugfixesat.htm 下载Tools的补丁，放到amber11文件夹下

1. cd $AMBERHOME
   
2. patch -p0 -N < bugfix.all

复制代码

http://ambermd.org/bugfixes11.html 下载amber11 的补丁，放到soft文件夹下，

1. cd /soft
   
2. chmod 700 apply_bugfix.x
   
3. ./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz2

复制代码

3.        以下就是安装amber11了。

1. cd amber11/AmberTools/src
   
2. ./configure gnu   

复制代码

进入/src/gleap/mortsrc/common/fortran.cpp 添加头文件#include <cstdio> 3 把生成的config.h里面 MAKE_XLEAP=skip_xleap改成MAKE_XLEAP=install_xleap

1. make serial  
   
2. cd ../../
   
3. ./AT15_Amber11.py
   
4. cd src
   
5. make serial

复制代码

最后出现时间日期。

1. make test

复制代码

下面安装并行的amber

1. cd AmberTools/src
   
2. make clean
   
3. ./configure -mpi gnu
   
4. make parallel  
   
5. cd ../../
   
6. ./AT15_Amber11.py
   
7. cd src
   
8. make clean
   
9. make parallel  

复制代码

在bashrc中添加 export DO_PARALLEL=’mpirun –np 2’
make test.parallel
至此安装完毕。

川大-灰太狼

呵呵，还是好贴！想当初安装Amber折腾了我几周时间 呵呵 才装在了Centos5.5上

大工大-Chemoinf

  不错 不错

wanghanlu

正想试试呢！非常感谢！