两个亚基间的夹角计算

fenzimoni · 发表于 2014-1-12 16:16:10

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大家好！我用amber对一个蛋白进行了MD模拟，这个蛋白有两个亚基组成，在模拟过程中发现这两个亚基发生了相对的旋转。我想问一下：图中的γ角度是如何定义的？最后我想作出这个角度随时间变化的动态图。我试了一下VMD，定义主轴线测量（principal axes），但是好像不对，而且同时给出好几个角度。现在有点迷茫，还望各位能指点一下，谢谢！

fenzimoni · 发表于 2014-1-14 15:56:14

没人知道吗？文献中是用四元数来定义，图中的轴又是principal axes，搞得有点晕啊！！帖子不能沉啊！

fenzimoni · 发表于 2014-1-15 10:07:56

qian430 发表于 2014-1-14 16:51

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一涉及数学的东西我就蒙，高考才99分。哎

呵呵，数学啊数学，看MD理论的时候我印象最深刻的一个人：汉密尔顿！

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[AMBER] 两个亚基间的夹角计算

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